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各个类型的异形虫，都有相对应的生产基地生产虫卵，这些生产基地都是异形战士专用的建筑物。虫卵生产出来后，会通过生产基地的地下通道运送到各个更急的巢穴里，由巢穴同意孵化成为异形虫。当异形战士的异形虫战死，或者异形战士能够掌控更多异形虫时，便会来到这些巢穴里，挑选中意的异形虫加以控制，使得异形虫变成异形战士最有效的战斗助手。
刚开始的时候，参与异形虫项目的科学家和科学技师们没打算设计一个专门的建筑，用来保护和孵化异形虫的虫卵。在最初的构思中，每种异形虫的生产基地在生产出虫卵后，直接将这些虫卵孵化了就可以。这样做的好处，只需要将异形虫的生产基地进行一个简单的升级，便可以达到目的。
虽然异形虫生产基地负责异形虫虫卵的生产、保护、孵化一条龙服务，在科学和科技上没有什么难度，但在实际的运用中却遇到了极大的困难。
由于工兵虫自身能力和生物等级的原因，工兵虫衍化出来的异形虫生产基地，只能完成生产异形虫虫卵一项工作，想要让异形虫生产基地能够保护和孵化虫卵，必须对这些异形虫生产基地进行二次升级。可是，如果对每一个异形虫生产基地都进行第二次升级，需要消耗的资源十分庞大，那就得不偿失了。
负责异形虫项目的科学家、科学技师还想过一个办法，那就是提升工兵虫的能力和生物等级，让工兵虫衍化出来的异形虫生产基地，直接拥有生产虫卵、保护虫卵、孵化虫卵的效用。可惜的是，工兵虫作为最基本的非战斗型异形虫，已经拥有了最大化的能力，如果将工兵虫进行升级，工兵虫就不是最基本的非战斗型异形虫了。
研究工兵虫的目的，就是为了让工兵虫成为最廉价、最全能、最高效的非战斗型异形虫，给异形战士的战斗提供基础。如果为了让异形虫生产基地多出两个可有可无的能力，给工兵虫进行整体升级，相当于否定了工兵虫现有的战略战术地位。更加重要的是，如果工兵虫不是最基本的非战斗型异形虫了，那么必须有一种新的非战斗型异形虫，来代替工兵虫现在的地位。
只不过是为了让异形虫生产基地多出保护虫卵、孵化虫卵这两个不置可否的能力，跑去大幅度升级工兵虫的能力和等级，还要培育一种全新的异形虫来完成工兵虫现在的工作，这显然是一件得不偿失的事情。
而且，让各类异形虫生产基地将虫卵孵化出来，还有一个问题，那就是孵化出来的异形虫往哪里放？不可能全部孵化出来的异形虫，都扔到异形战士基地的大街上，让这些无主的异形虫乱跑乱跳、制造事端。
各类异形虫生产基地将异形虫孵化出来，除了孵化出来的无主异形虫没有地方安置以外，还有一件更加棘手的问题，那就是不好对无主异形虫进行管理。异形战士让这些无主异形虫认主后，谁能保证每一个认异形战士为主的异形虫，都能记录到异形战士军团的资料库里？到了那个时候，丢了几只异形虫，找都没有地方找！
异形虫是异形计划最新的研究成果，还没有应用到战场上。如果让人偷走了几只异形虫，这些异形虫里蕴含的科技信息肯定会泄露出去，这对唯一神教来说可是件极为不利的事情。
更加重要的是，异形战士们不可能记住全部异形虫生产基地的位置，每一种异形虫生产基地又只生产相对应种类的异形虫。如果某个异形战士需要补充某种异形虫，这种异形虫是由相对应的异形虫生产基地孵化出来的。如此说来，这位异形战士想要补充这种异形虫，必须先找到生产这种异形虫的异形虫生产基地，但这名异形战士偏偏忘记了需要找的异形虫生产基地在哪。
找不到异形虫生产基地，就不能补充异形虫，难道异形战士要不带异形虫直接上战场？这显然是个十分愚蠢的决定。况且，异形虫项目存在的意义，就是为了研究出异形虫，让异形虫成为异形战士最有效的战斗助手。如果因为找不到异形虫生产基地，而让异形战士无法在战斗中获得异形虫的帮助，这也太……
思来想去、权衡利弊，负责异形虫项目的科学家和科学技师们最终做出了决定，他们要设计、研发一种全新的异形战士专用建筑，用来保护异形虫的虫卵、孵化异形虫的虫卵。这种建筑，还要统一管理异形虫的虫卵和无主的异形虫，让这些无主的异形虫不要闹出乱子来。
负责异形虫项目的科学家、科学技师，为保护异形虫虫卵、孵化异形虫虫卵、统一管理异形虫虫卵和无主异形虫设计研发的这件异形战士专用建筑，名字叫做——巢穴。费多伦将军口中的“巢穴建筑体系”，正是建立在巢穴的基础上的。
巢穴分为不同的等阶，每个等阶的巢穴又有不同的级别。不同等阶、不同级别的巢穴构成了巢穴建筑体系，共同承担起保护异形虫虫卵、孵化异形虫虫卵、统一管理异形虫虫卵和无主异形虫的重担。当异形战士需要补充任一种类的异形虫时，哪里都不需要去，直接前往巢穴便可以。在巢穴完成详细的登记后，异形战士便可以领走需要的异形虫。
巢穴拥有十分健全的记忆系统，能够详细的记住无主异形虫、异形虫虫卵的全部动向，保证不丢失一枚异形虫虫卵，保证没有任何一只无主异形虫能在巢穴的管理下失踪。巢穴拥有十分健全的配套防御体系和守卫体系，保证无主异形虫和异形虫虫卵不泄露出去。在战争中，巢穴更是异形战士们的军事要地。