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作为大明的留都，南京官府机构的设置，与京城几乎是差不多的，这里有六部和都察院等朝廷机构，也有司礼监和锦衣卫等皇家特别的机构，包括翰林院、国子监等等，都是一应俱全，只是从职责方面来说，南京的六部及都察院等等，与京城的大不一样，其中最大的不同之处在于，南京没有内阁。
按照朝廷的要求，南京是皇太子驻扎的地方，不过这已经是老黄历了，实际上没有哪一个皇上真正将太子放在南京的，大都是偶尔去看看，到了万历年间，皇太子根本不会到南京去，基本都是留在京城的。
南京的皇宫，规模比北京的紫禁城要小一些，但这里是大明朝廷开国的京城，当时称之为金陵，太祖朱元璋就是在这里登基的，成立了大明王朝，后来朱棣从建文帝朱允文手中夺过皇位之后，迁都北京，将南京定为留都，将朱元璋的老家凤阳定位中都。
南京兵部尚书代表皇上管辖南直隶，包括中都凤阳，镇守太监代表皇上驻守在南京皇宫，直接管辖锦衣卫和诸多的太监，为南京京营的监军，守备勋臣代表皇上管辖南京京营，这三人是南直隶权力最大的人，三人以南京兵部尚书为首。
南直隶的赋税，大部分都留在了南京，由南京六部决定如何的开销，不过随着时间的推移，南京六部和都察院的权力越来越小，南直隶的赋税，一部分被直接征调到京城，进入了户部的府库，留给南京户部开销的赋税，数量逐渐减少。
南直隶是大明最为富庶的地方。尽管京城征调了部分的赋税，但留下来的赋税还是不少的，崇祯元年以来。甚至出现过南京户部结余的银子多余京城户部结余的银子，当然这不是从总量上面比较。而是在开销之后，结余的赋税方面，南京超过了京城。
皇上曾经想着从南直隶征调更多的赋税和粮食支援遭受灾害的北方，可遭遇到朝中大臣的激烈反对，最终不了了之。
南京六部的官吏，其身份地位与京城的是无法比较的，朝中文武大臣都明白，被派遣到南直隶。基本都是遭遇贬斥或者是年纪大了，安排一个地方颐养天年，南京六部尚书，除开兵部尚书稍微好一些，其余的悉数都是闲职，没有多少的事情做，也没有多大的权力。
从个人的收入上面来说，那就更无法比较了，京城的官吏，只要是掌握实权的。每年获取的地方官孝敬的冰敬和炭敬数量不少，这些银两足够京城不少官吏过上奢侈舒心的日子，可南京六部和都察院的官吏就没有这样的待遇了。他们所能够拿到的就是俸禄，其余的收入几乎没有，谁都知道明朝的官吏，依靠俸禄是难以过日子的，不要说奢侈和舒心，能够保证家人吃饱饭就不错了。
不过南京六部的尚书，以及都察院的左右都御史，身份还是尊贵的，毕竟谁也不知道。什么时候南京六部的尚书和左右都御史，就调到京城的六部和都察院。甚至是直接进入内阁了，出于这样的考虑。没有谁敢于明目张胆的得罪他们。
这么多年过去，在不少人看来，留都的设立完全是多余的，无非是安排了一些官吏，没有起到任何的作用，早就该撤销了，不过南京的地位不一样，这关乎到皇家的颜面，故而没有谁敢于说出来这样的话语。
前往南京的郑勋睿，早就是这样的看法，在南京设立六部和都察院等官府，完全是劳民伤财，养上那么多闲人干什么，将这些银子集中起来，还能够做不少的事情。尽管已经是南京兵部尚书，可郑勋睿的看法是不会改变的。
当然，目前的情况之下，郑勋睿也要庆幸那个篡位成功的明成祖朱棣，他这个南京兵部尚书，与之前的兵部尚书完全不一样，他要依托这个职位，在最短的时间之内，完全控制南直隶，这里是大明最为富庶的地方，一旦控制了南直隶，可与朝廷分庭抗礼，接下来控制南面的浙江、江西、福建和广东等地，以及北面的山东等地，就变得很容易了，至于说河南、湖广、四川和山西等地，正是流寇肆掠的地方，郑勋睿暂时没有打算染指这些地方，就让流寇好好的去闹腾，让朝廷头疼去。
崇祯十二年九月十四日，郑勋睿抵达南京。
其实这里是他的家乡，南京由上元县和江宁县组成，皇宫以及六部等机构，悉数都在上元县，回到南京出任兵部尚书，郑勋睿其实是回到了家乡，这将成为他掌控南直隶最大的助力，要知道郑氏家族在这些年是空前的发展，其力量已经不容小觑。
郑勋睿来到南京，与甘学阔的态度完全不一样，他是秘密进入南京城的。
郑勋睿的身边，由洪欣瑜带领的二十名亲兵贴身护卫，其余的四百八十名亲兵，分散在四周，将郑勋睿的周遭护卫的如同铁桶一般，也正是因为有了这样的护卫，郑勋睿的行踪能够完全保密。