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朱影龙一直就想将军、政两个系统分开，但前面一阵子太乱，加上边关还在打仗，所以他暂且将这个想法搁下了，现在他已经决定裁撤京营，编练新军，而且现在朝廷这个所谓的五军都督府也差不多名存实亡了，大半官员被魏忠贤裹挟南逃，五军都督府好些官员都是被魏忠贤和客巴巴的亲戚担着职务，还都有爵位，现在他们都随魏忠贤南逃，正好给了他这个机会，越想越觉得可行，挑这个时机一举废除五军都督府，设立一个统一的军事指挥机构，就是军机阁，想到这里，朱影龙立刻宣布摆驾文渊阁，召集六部阁卿商议这件大事，同时命人将京营的代提督陆皓天也唤了过去。
皇上突然召集六部阁卿商议大事，这让大臣们都吓了一跳，还以为发生了重大之事呢，还不急急忙忙的往文渊阁赶来。
“朕突然召大家来，是为了一件很重要的事情，关系到我大明朝长治久安，国祚永长的大事，”朱影龙看自己要求前来的人一个不少的都到了，命人关上会议室的大门，很郑重的开口道。
孙承宗就在这文渊阁办公，朱影龙事先已与他有了沟通，况孙承宗一直主将废除文人掌兵的弊规，设立军机阁的正好将这一弊端完全解决，从此文不掌兵，武不干政，至于废除五军都督府，更重要的一点，是朱影龙这个皇帝要把军权全部抓到他的手里来，等朱影龙开场白说完，孙承宗开口道：“皇上决定设立军机阁，废除五大都督府，全国兵事将由军机阁全权处置，兵部从此将直接由军机阁节制。”
这个决定一经宣布，会议室中原本还因为匆忙赶过来气喘吁吁的声音顿时就听不见了，那是一阵短暂的寂静无声，各人的脑袋中都在飞快的运转着，他们有的在想皇帝此举仅仅是自己抓兵权呢？还是有其他什么目的？还有的像黄尊素等人则表现的非常平静，似乎一经料到皇上会怎么做，只不过一开始的惊讶是吃惊皇帝动作比他们心中预计的要快了些。
“微臣敢问皇上，军机阁与内阁是谁领导谁呢？”刑部尚书杨鹤站起来问道。
“军机阁是独立的，内阁无权过问军机阁的军务，同样军机阁呀无权过问内阁政务。”朱影龙道。
“微臣请问皇上，军机阁大臣都由哪些人组成？”礼部尚书黄尊素问道。
“军机阁不设首辅大学士，直接对朕负责，暂设军机副相一名，要员若干，这个具体待定。”朱影龙想了一下，回答道，“军机阁成了之后，各部凡是涉及军事方面的包括一系列官员和事务全部移交军机阁，像工部的各种兵器，铠甲、军服的制造等等。”
这下所有的官员都明白了，这军机阁是要独立成一个系统了，以后的六部恐怕要改成五部了，这不仅仅是一场改革了，而是大明朝文武彻底的要分家了，所带来的影响根本无法估量，听着皇帝的这些话之后，在场许多人官员，包括孙承宗等嫡系官员脸上都露出凝重之色，弄不好，这是要天地变色的，他也没有深深的想过皇上设立军机阁的真正的用意，原来居然是彻底的实行军政分开，文官只有管理政务的权力，而军权却牢牢的被皇上抓在手里，国家以后等于皇帝想怎么干就怎么干了，这岂是文官士大夫阶层所能容忍的吗？他们拼命的想削弱皇权，到头来皇权还是被巩固到了皇帝手里，他们岂有不反对之理？