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提起这位石井四郎可是大有来头，他生于1892年日本千叶县，今年58岁。其家在当地是大地主。由于当地农民对石井家族非常忠诚，促使石井四郎在中国东北从事细菌研究时，招募了不少家乡子弟，并利用他们的绝对忠诚严守秘密。石井四郎兄妹四人，他是次子。此人从小就展露出天赋，念小学时表现出记忆力超强，在同班同学当中出类拔萃，但是他的性格有人反映鲁莽、粗暴，从小就暴露出残忍的一面。
1920年12月，石井四郎以优异成绩在京都帝国大学医学部毕业，当时28岁的石井四郎雄心勃勃，立志成为一名陆军军医，为大日本帝国和天皇效劳。次年初他加入近卫步兵第三联队，作为见习军官开始接受军训。5个月后他被任命军医中尉，正式分配到近卫师团。
在近卫师团呆了两年，然后调到了东京近卫卫戍医院。在东京期间，他恶名狼藉充分显露出反叛的一面。他是一名色鬼、夜游神、酒鬼，白天在医院上班貌似文明人，夜晚则出入酒馆、艺伎馆整夜狂欢，他十分偏好十五六岁的艺妓。石井四郎家中富有，大把大把的挥霍，从来不缺钱花。
1924年4月，石井四郎以代培学员身份再入京都帝大，在研究生学院研究细菌学、血清学、防疫学、病理学和预防医学。石井四郎作为陆军部一名干才、一名职业军人。此后一直平步青云，并在同年8月晋升陆军大尉。
石井四郎在京都帝国大学研究生学院学习期间，充分展示了他的另一才能，那就是迎合和巴结上峰，并且获得很多教授的欣赏。平时他厚颜经常拜访校长，并很快获得校长的赏识，而且还迎娶了校长的女儿，由此为他的仕途打开了一扇门。
石井四郎的钻营，也曾获得有些正义感教授的反感。一位匿名的教授曾这样评价他：石井非常聪明而又勤奋，他不是一位学者型人物，他是一位野心勃勃、喜欢干大事业的｛意为说大话的｝人。他热衷于取得成绩借以提高自己的地位，态度非常粗鲁、自大、并对下属十分傲慢。
1927年，石井四郎从京都研究生学院毕业，再次进入京都卫戍医院。此后他在刊物上发表了一系列研究论文，很快就有了名气。促使石井四郎下定决心从事罪恶的细菌战，是源自他发现了一位二等军医撰写的有关细菌战的报告书，同时引起了他强烈的共鸣。
石井四郎十分清楚，1925年在日内瓦召开世界裁军大会，会上明文规定：化学战和生物战为非法，可是细菌战所带来的杀人威力深深的吸引了石井四郎。这种低成本大范围的杀人武器，促使石井四郎不断前往东京参谋本部，游说高层进行细菌战研究。
28年至30年，石井四郎对外宣称自费出访，实际上是陆军部派遣。长达两年时间他跑遍了欧洲几十个国家，尤其是重点考察了德国秘密研制细菌武器的情况。通过一番考察由此更加坚定了研制细菌武器的迫切愿望。考察回来后建议：我认为，研究细菌武器已经刻不容缓，延迟一日，毕将使日本遗恨无穷！
石井四郎回国四个月后，石井四郎被任命为陆军军医学校教官，同时晋升为少佐。这期间他继续游说细菌战的重要性，而所持的理由竟然是：“细菌战无疑具有特殊的可能性，否则联合国也不会禁止！”他的努力终于有了结果，并得到高层的注意。
有一个人物给予了他巨大支持，那就是时任陆军军医学校校长的小泉亲彦。此人在日本号称“化学战之父！”当时小泉亲彦是日本知名的军事科学家，可以说是日本军事医学的开拓者。在他的鼎立支持下，最初的防疫研究所在东京的陆军军医学校成立，很快规模开始扩大，以石井四郎为首的“食人魔窟”的雏形开始显现。
细菌研究必须经过大量实验，那么实验的对象必须是活生生的人，苦于日本境内“材料”很难寻找，同时也是为了保密。九一八后第二年，石井四郎把眼光瞄向满洲，原因是满洲能提供大量活人进行试验。还有另外一个原因，最初的细菌战针对苏联，因此苏联远东地区被列入细菌作战区域。
很快石井四郎的计划被批准，为了保密石井四郎在家乡招募了大批子弟，这些忠于自己的人成为骨干力量。最初石井四郎选址距离哈尔滨70公里的背荫河，在几个月时间便建起了大片房舍，并展开活人实验。