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温峤从王导丞相家出来，高兴地说：“江南已经有了管仲这样的人才了，我还忧虑什么呢？”
平东将军宋哲到达建康，称说奉晋愍帝诏书，令丞相、琅邪王司马睿总摄国家所有事宜。三月，琅邪王换上素色服装，避居于别室，举哀三天。此时官员、部属等共同进上皇帝尊号，琅邪王不肯即位。
琅邪王感慨地流着眼泪说：“孤是有罪之人。诸位贤良如果逼我不止，我将返归琅邪封国。”并传呼私人奴仆，让他们驾车准备返回封国。
于是他下属的官员们改变策略，以退为进，请求琅邪王依照魏、晋旧有成例，称晋王。
琅邪王同意了。三月（初九），琅邪王即晋王位，大赦天下，改年号为建武，开始设置百官，建立宗庙和社稷。
主掌官员请求立太子，晋王喜爱次子宣城公司马裒，想立他为太子，对王导说：“立太子应当视其德行。”
王导说：“世子与宣城公，都有清朗隽秀的美德，但世子年长。”
晋王听从了王导的意见。晋王立世子司马绍为王太子，封司马裒为琅邪王，继承恭王的祭祀；仍任司马裒为都督青、徐、兖三州诸军事，镇守广陵。封谯王司马逊的儿子司马承为谯王。司马逊是晋宣帝弟弟的儿子。又任征南大将军王敦为大将军、江州牧、扬州刺史；王导为骠骑将军、都督内外诸军事、领中书监和录尚书事。
丞相左长史刁协被任命为尚书左仆射，军谘祭酒贺循任中书令，右司马戴渊、王邃为尚书，司直刘隗任御史中丞，行参军刘超为中书舍人，参军事孔愉长兼中书郎，其余参军全部封官奉车都尉，部属封驸马都尉，行参军舍人官拜骑都尉。
王敦辞谢江州牧的官职，王导因为王敦已统领六州，辞谢都督内外诸军事的职务，贺循因年老多病辞去中书令，都获得晋王的同意。任命贺循为太常。此时江南东晋政权刚刚草创，因刁协久在西晋时为官，熟悉旧制；贺循为当世儒学泰斗，精通礼学，所以凡遇疑碍难决的问题，都由他们定夺。
公元318年三月，愍帝的死讯传到建康，晋王穿着丧服，搬到倚庐独居。百官奏请晋王使用皇帝尊号，晋王不同意。
大将军纪瞻说：“晋政权灭亡，至今已经两年，陛下应当继承大业。遍观皇室子弟，又有谁值得推让！陛下如果荣登皇位，那么祖先神灵和国民都能有所依凭；如果拂逆天命，违背人心，大势一旦失去，就无法挽回了。现在洛阳、长安两座京城被毁，国家无主，刘聪在西北自立国号，而陛下却在东南清高地推谢帝位，这就如同急于救火却恭礼谦让。”
晋王还是不同意，让殿中将军韩绩撤去摆好的皇帝宝座。
纪瞻喝斥韩绩说：“皇帝之座与天上列星相应，谁敢搬动就把他斩首！”
晋王脸色为之一变。
于是晋王在众臣再三请求下即帝位，史称“晋元帝”。文武百官陪列于两侧。
司马睿看到王导要给自己行大礼，赶忙从御座上站起，走下殿来一把拉住王导，要他一起到御座上接受百官朝拜。这个意外的举动，使王导和众大臣都大为吃惊。因为在封建时代，皇帝是至高无上的，哪有臣下与皇上同座的道理。
王导急忙推辞道：“这怎么行？只有太阳高高在上，万物才能得到它的照耀。如果太阳跟一般的生物在一起，生物还能得到它的照耀吗?”
王导的这一番吹捧，使司马睿听得十分高兴，他也就不再勉强，接受了大臣们的朝拜。
元帝大赦天下，改年号为太兴，文武官员都晋升二级爵位。元帝打算对所有曾经投贴上表章建议自己接受皇位的人格外优宠，凡官吏都增加爵位一等，平民都提升为官吏，总计有二十多万人。
散骑常侍熊远说：“陛下顺应天命，继承皇位，普天之下莫不拥戴，不能只奖励近的，而忽略远处的。不如依照汉朝的做法，普遍赐封臣民官爵，这样皇恩浩荡，而且可以省去考察核实的烦劳，堵塞弄虚作假的渠道。”元帝不听。
立王太子司马绍为皇太子。太子仁义而有孝道，喜欢文学，爱好武艺，礼贤下士，从谏如流，与庾亮、温峤等结为平民之交。庾亮为人端庄肃正，擅长谈论老子、庄子之学，元帝很器重他，礼聘其妹为皇太子妃。元帝任命贺循行使太子太傅职权，庾亮以中书郎身份侍讲东宫。
元帝喜好刑名之学，曾把《韩非子》一书赠送给太子。庾亮规谏太子说：“申不害、韩非行事刻薄有伤圣教，不值得圣上留心。”太子听从了。
司马睿登基以后，为了感谢王导、王敦兄弟的大力扶持，对他们特别尊重。他封王导为尚书，掌管朝内的大权；又让王敦总管军事。王家的子弟亲信一时布满朝中。当时，民间流传这样着一句话，叫做“王与马，共天下”。意思是说东晋的江山是王氏与司马氏共同拥有的。
当时荆、扬二州比较安定，人口众多，物产丰饶。王导的治理方针讲求清静，常劝元帝克己垂范励精图治。于是越发受到元帝的器重，两人之间的感情日益深厚，朝野之中都为之倾心，称王导为“仲父”。
元帝曾经真诚地对王导说：“你就是我的萧何呀！”
王导回答说：“过去秦朝无道，实施暴政，天下百姓厌弃乱世，人们感怀汉王刘邦的恩德，群起响应反秦，所以大功容易告成。自从曹魏立朝以来，直到晋太康时期，公卿士大夫及门阀世族，奢侈挥霍相互攀比，先贤政教逐步衰退，先朝治世法度，无人遵循，大小官吏，沉溺于享乐之中，才使得奸佞之人有机可乘，导致朝政大道亏伤。
“然而混乱之后将会出现安定，这是天地间的规律。大王将要建立盖世之功勋，重新一统山河，管仲、乐毅这样的人才，这时就会出现，不是我们这样普普通通的臣子所能比拟的。希望大王能深谋远虑，广择贤能。顾荣、贺循、纪瞻、周玘，都是南方的名士，希望能对他们礼敬优待，则天下可安。”
元帝采纳了王导的建议，从而逐渐赢得了南北士族的共同拥戴。
王导分遣八部从事八个人外出检查扬州所属八郡，回来后同时召见了他们。各位从事纷纷禀告二千石官长的为政得失，唯独顾和默默无言。
王导询问他。顾和说：“您辅佐国政，宁可使法网宽松以至可以漏过大鱼，为什么又要搜集、听信道听途说，以斤斤计较来治理政事呢！”
于是王导感叹称赞，采纳了顾和的意见。
汉刘聪大军以摧枯拉朽之势灭掉了司马氏的西晋，但是司马氏以无可阻挡之势又建立起来了东晋。这次再想要这么轻易地“割掉”这一茬“韭菜”已经不大可能了，因为这时候刘聪的汉朝廷出现了一次极为严重的内乱。