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蒙斯克迅速在安迪卡主星上掀起了一场针对联邦军队的全面战争。他随即采用了“灵能发射源”——一种由联邦设计、可用来吸引无数异虫蜂拥而至的信标装置——来对付联邦军队。很快，星灵的舰队就像对待乔·萨拉和玛·萨拉行星一样，使用强大的炮火将安迪卡主星焚毁殆尽。
—————————过场：诺拉德2号的坠毁————————
wol的剧情回顾part1【新纪元】
（upl秘密系外远征计划~主宰成功入侵艾尔的剧情回顾
——————————过场：公开反叛——————————
巨大的背叛
随后蒙斯克又下令向联邦首都塔桑尼斯发起攻击。让凯瑞甘感到恐惧的是，他命令将灵能发射源部署在这个未被感染而且人口密集的星球上。当异虫席卷塔桑尼斯时，雷诺不禁心生疑问，这个为达目的而不择手段的蒙斯克是不是疯了？
这回，星灵舰队的领袖塔萨达尔派遣出地面部队，试图保全整个星球。蒙斯克命令凯瑞甘阻击星灵派往塔桑尼斯的部队。虽然凯瑞甘对此心存疑虑，但她还是服从并完成了任务，塔桑尼斯随即被虫群占领了。
被异虫团团包围的凯瑞甘请求撤离。然而，她等来的却是难以置信的背叛－－丧心病狂的蒙斯克居然把凯瑞甘连同她的部队遗弃在了塔桑尼斯之上。暴怒的雷诺赶往塔桑尼斯想要营救凯瑞甘。尽管他用尽了全身的力气，但是一切还是太晚了。
——————————过场：就职典礼———————————
帝国和刀锋女王
随着塔桑尼斯的毁灭和联邦的垮台，大多数人类幸存者转而向克哈之子寻求庇护，后者已成为人类对抗外星侵略者的主要军事力量。随着一个接一个星球向克哈之子求援，蒙斯克宣布他必须建立一个新政府——泰伦帝国——来保护他们。他自封为帝国元首，并保证必将战胜外星势力。
与此同时，吉姆·雷诺因为失去莎拉·凯瑞甘而痛苦不堪，他逐渐意识到自己已经爱上了她。她的死以及过去种种在雷诺的脑海中挥之不去，他偷取了蒙斯克的指挥舰休伯利安，试图以凯瑞甘之名伸张正义。
吉姆·雷诺所不知道的是，凯瑞甘并没有死。
————————————过场：梦境———————————
主宰——控制异虫的超级意识体——通过将超能进化病毒感染凯瑞甘而使其变身。她的进化让她拥有了难以置信的力量和灵能。最终她成为了刀锋女王：主宰的忠实仆从，一个丧失了人性和道德、冷酷无情并忠心耿耿为虫群的生存奉献的人物。
—————————过场：亚美利哥号之战—————————
然而主宰却遭受了巨大的损失：星灵的一个分支，黑暗圣堂武士的领袖泽拉图，杀死了一条主宰的脑虫。失去脑虫控制的部队狂性大发，转而攻击己方，虫群只能被迫消灭它们。
但异虫的损失也并不是毫无回报，当泽拉图刺杀脑虫时，他同主宰有过一次短暂的心灵感应。就在那个瞬间，主宰发现了艾尔行星的位置，那里是星灵世代的家园。异虫对艾尔行星发起来疯狂的袭击，尽管星灵英勇地抵抗着，异虫还是站住了脚跟，主宰成功将自己植入了行星的地表。
——————————过场：曲度跳跃————————————
——————————过场：入侵艾尔————————————
与吉姆·雷诺的部队合力之后，塔萨达尔将士气低落的星灵部队重新集结起来，准备向他们的敌人发起最终的攻击，但即便如此，异虫的战斗力也仅被削弱了一部分而已，而星灵本身却遭受了重创。
—————————过场：菲尼克斯的陨落——————————
———————————过场：伏击————————————
————————————过场：回家——————————
作为孤注一掷的战术，塔萨达尔将艾尔星灵的能量和黑暗圣堂武士的能量通过星梭号船体连接起来，而后操纵舰艇向恐怖的主宰撞击而去。
塔萨达尔的英勇牺牲造成了一个巨大的爆炸杀死了主宰，也让艾尔行星上的虫群陷入混乱。尽管如此，星灵也没什么值得庆祝的，艾尔上的大多数地方已经成为废墟。然而看着大半化作废墟的家园，星灵感受不到丝毫胜利的喜悦。更糟糕的是，异虫种群并没有因此被击溃。在遥远的查尔星上，凯瑞甘感应到了主宰的死亡，她终于明白了自己被创造的意义。刀锋女王的统治即将开始。
——————————大结局：主宰之死————————
wol的剧情回顾part1【未知的明天】。之后ued远征军来到克普鲁星区，选择了一个泰伦移民地开始了对他们生化武器的实验……