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当务之急是补充兵力，并且快速形成战力，朱由榔深深的知道，想要驱逐鞑虏，收复中原，手中就必须要有一支忠于天子，忠于朝廷的军队，强干弱枝才能维护纪纲，保证中央集权的稳定。
南明之所以没能和南宋一样，坚持个百多年，最主要的一个原因就是缺少一个强有力的中枢。中枢赢弱，纪纲不存，各地的疆臣，兵头不听号令，各自为战，且互相鄙视，谁也不服谁，最后被满清集中力量各个击破，满清之所以能横扫中国，主要也是因为他们有一个以多尔衮为首的强有力的中枢，还有一支绝对维护中枢威权的力量——八旗兵。
所以趁梧州保卫战胜利，皇帝威权大增的时机，朱由榔决定将战后剩余的四千兵卒打混合编，淘汰伤残兵痞，以其为骨干筹建一支天子亲军，人数暂定为一万左右。从三千多扩充到一万多，既可以让新军在短时间内形成战力，又可以避免因扩军人数太多导致军队战力下滑严重。
同时新军取消家丁制，杜绝将领私兵，说起家丁，这个词在明末出现得比较多，比如万历二十一年朝鲜之役，大将李如松不欲他兵分其功，潜率家丁二千人，参加碧蹄馆战斗。一般而言，军队里的家丁出现于明万历初期，以前只有护卫主将的亲兵。
家丁有招募者，有抽调于卫所者，也有将领的子弟。他们都是为将者的心腹，相对于普通营兵，他们待遇优厚，家丁死了有抚恤，残疾了家主会养老。他们的装备精良，饷银优先供应，甚至家主以吃兵血，克扣军饷，盘剥其他士兵的饷银来养活这些家丁。
他们和家主将领一荣皆荣，一损俱损，在战场上，一般将领舍不得让他们上战场，但是只要上了，这些人都是决对的作战主力。
新军编制暂定为五人为一伍，设伍长、伍副；两伍为一什，设什长、什副；五什为一队，设队正、队副；五队为一哨，设哨长、哨副；三哨为一营，设管带、副管带、监军，一营约一千一百多人；五营为一协，设统领、副统领、监军使；两协为一镇，设统制，副统制，都监军使，再加上木匠、铁匠、皮匠、火夫，医士等后勤人员，一镇共约为一万两千余人。
朱由榔根据前世的经验，再结合这世将领拥兵自重的现状，对新军的基础结构进行改组，主将的权力受到限制和分散。
主将掌管作战操训大事，临阵杀伐决断，便于军令畅通。平时副职执掌军法奖惩，记录军功，掌握下级的用人推荐权，是对主将明面的监督。
监军掌钱粮和宣传教化，与士卒打成一片，掌握军队的人心，暗地对主将和副将进行监督。副将和监军都由上级集体任命，同级主将有推荐权。军官升迁互调利于军官的竞争培养，加强了对军官的驾驭，使其不能抱成一团，仗势横行。
战时讲究的是临机而断，不能扯皮，商议来商议去，战机稍纵即逝，主将杀伐决断集与一身，副职只需服从执行，众心才能如一。平日权力分散，副职、监军各依权责而行，三人互相牵制，各成体系。