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这次体制改良主要针对的是武官体系，凡事有轻重缓急，清廷大军即将大举南下，大明的文官体系和宦官体系朱由榔暂时还没精力，也没时间去弄，只能等打退清军，站稳脚跟后再考虑了。
新的勋位、散阶、官职、营制通过众人的集思广益，几天时间就差不多制定好了，充分考虑到了各品级武臣和军士的利益，特别是京营、忠贞营、西营三大主力，保证他们中大部分军将能升官加俸，军士能有个体面的收入待遇，至少要比以前要好，所以新军制一放出来，除湖广十三镇部分首领中高层军将外，明面反对的很少，很快就施行下去了，剩下的等施行后出现问题再补充完善。
军改的同时伴随着京营侍卫亲军和湖广，两广的军事兵力调整。
侍卫亲军以后统一改称京营禁军，编制打散了重编，调到广西和湖广辅助疆臣公干的两个团八千余人的兵力全部回笼行都，这样行都就有四个团（包含辅兵）的一万两千余人的侍卫亲军马步军，经过近一年的严格操训和实战，侍卫亲军战、辅兵的军事基础和技艺百分之八十五以上达到了战卒的标准（主要是部分辅兵拖了后腿，不过由于前期朱由榔对辅兵操训的重视，辅兵和战兵拉开的差距并不大），百分之三左右达到了锐卒的标准，剩下的百分之十五约三千人都达到了守卒的标准。合格的战兵约九千人，锐士约三百人，即便从巡防营中再抽调出三千达到大明军士辅卒标准的辅兵，也只够满编一镇，吴继嗣和焦琏资历功勋差不多，统制掌印官只有一个就有些不好安排。
鉴于此朱由榔诏令湖广总督堵胤锡从原王允成，张先壁和刘承胤的三镇五六万战、辅兵中挑选出三千左右达到大明军士战卒标准的且作恶不多，无不良嗜好的精锐战兵送到行都充实京营（实际上达到战卒标准的有七八千左右，不过大多有奸淫掳掠史，军纪败坏，老兵油子居多，这些朱由榔宁缺毋滥，统统不要），三千精锐镇兵中有两千左右是原刘承胤标将陈友龙的部下。
陈友龙短小精悍，善步走，日行三百里。性严急，惯战。随承胤征黎平苗。友龙尝先登，破苗砦，执叛苗则生剥之，为群苗所畏，呼为“五阎王”。
其出身贫寒，世代务农，力大如牛。不愿意雉发，举家南逃，在武岗被乱兵所劫，挥舞锄头打死刘承胤的部下十余人，刘承胤得报惜其勇武，设计将其笼络至麾下。
那时候刘承胤手下不过三四千人，专以劫掳为生，与流寇没什么不同。山里的瑶人很生性，他们不敢招惹，靠的就是打劫过往的难民。
将陈友龙招揽至麾下后，陈猛人立马发挥了他的本事，只带几百精壮就把境内土寇剿光，不过那些土寇也大多是落难乡民，被逼上梁山的，陈友龙打散了十几股，招安了十几伙，至此有了三千兵马。刘承胤靠陈友龙的武力壮大后，湖广一些散兵游勇纷纷投靠，不上一年，就聚起了三万兵马。
历史上的陈友龙是个有节操的耿直汉子，刘承胤投清后，亦劝友龙降清。友龙将计就计，伪降入清军据守的靖州，既入城，拔刀大呼砍清将：“身是陈阎王，为索汝头来耳。”斩之，麾兵击，城中清兵、伪兵千余人，皆歼。遂收黎靖、沅州、黔阳、平溪、清浪、镇远。东攻武冈，拔其城，取守将头祭傅作霖，遂围宝庆，破之。不逾月，复城二十余，斩首数千，后因得罪何腾蛟为何部将郝永忠谋杀，闻者叹息。
三千精锐随着陈友龙一齐被堵胤锡送入行都编入京营，分散打入各部，这样加上原来的九千人的京营战兵，战兵总数量达到了一万二千人。其中京营战兵的数量占据绝对的优势，一是方便同化，二是保证京营的绝对控制权。
有了一万两千精锐，朱由榔就将马步卒分为两个不满编镇，分别称为羽林镇、虎贲镇，每镇下辖精锐战兵六千，再招募两千满足大明辅卒标准的辅兵列入军队编制，战、辅兵总数约八千。
余龙部和明军经制水师原本共有一两万人，经过严格筛选后，符合战卒标准的约有三千，符合守卒标准的有五千，为节约粮饷，其余全部被裁撤。
水师官兵中达到战卒的人数太少，如果只用战卒，走精兵政策，根本组建不了一镇水师，所以朱由榔干脆就将那五千达到守卒标准的水师营兵与那三千战兵合编，既负责战斗，也负责后勤，同时充当战兵和辅兵的职责，总数八千人编为一个不满编水师镇。称为伏波镇。
同时朱由榔将刘，李二部的一万五千精锐也都列入京营禁军序列，西军人马与原侍卫亲军人马一样按照新军制四等军士级，进行考核筛选。最后一万五千余人，达到战卒标准的有近一万三千人，剩下的两千余人只达到了守卒标准，朱由榔又组建了两个不满编镇，分别称忠武镇、忠捷镇。将达到战卒标准的一万三千人一分为二，各取六千五百名战兵分编各镇，同时再从巡防营中选出四千五百达到辅卒标准的辅兵，分编入两镇。这样每镇约有战、辅兵八千七百余人。