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半个月后，尼奥的身体已经基本恢复。他穿行在基地里面的长廊间，对那些后现代风格的墙壁十分好奇。
“所以说，你已经到了两百年后，你之前的经历不过是机器人给你编制的梦境。”黄超带着尼奥参观了一下基地不保密的地方，又带他上到地面，感受了外面黑暗恐怖的环境，沉重地对尼奥说出了真相。
尼奥在离开那个世界时，就有了极度不好的预感，没想到情况比他想得还要糟糕。黄超带领他走了很久，尼奥看到了广阔的空间和很多忙碌的人员。同时在恢复期间，也见过不少人，接触了一些外界的资料。他对这种事情，已经有了心理准备。
尼奥觉得，对方不至于花费这么大代价，给他开一个恶劣的玩笑。他英俊的脸上又震撼又绝望：“竟然是这样的。”黄超本来以为尼奥要大吼大叫地挣扎，已经瞄好了他的关节部位，会在第一时间打倒他，让他明白自己的弱小。没想到尼奥竟然慢慢接受了。
“我在这里，看到的都是华国人，那么我那时候的米国呢？”尼奥有些茫然地发问，他已经发现一个不妙的现象，在这里他是一个“歪果仁”。
“很遗憾，但是机器人的反叛、处理乃至最后毁灭世界的愚蠢决定，都与那时候的米国密切相关。他们还剩了一个基地，叫做锡安基地。你在矩阵里听过墨菲斯或崔妮蒂吧，他们就是锡安基地的人。当然，他们的情况有些糟糕。墨菲斯对你很有信心，他愿意相信你是救世主，你会拯救整个人类。在你经历基础的训练后，我会让你跟他去见先知。你从矩阵里被解救出来，从此是一个自由的人，你可以选择留在哪里。”
黄超没有说假话，然而他忽略了一些重要信息，尼奥不久之后，才会体会到锡安基地有多坑。
“郑玄，尼奥的基础训练就交给你了。”郑玄带着尼奥进行武术、跳跃、射击等等训练，而黄超在一旁好整以暇地围观两个人的教学。
在这过程中，黄超的精神已经渗透了他们自己人构建的虚拟的空间，一切人和物体的细节，都在他的脑中闪现，黄超生灵空间中笔记本也一直工作，给黄超提供了额外的计算资源。但是这种个人设备已经不够用了。
“我需要一些更专业的计算设备。”黄超开始设计新型的计算核心。他去掉了一切人机交互的设备，因为黄超本人就是一种超级智能。他只是需要扩展自己物质大脑的极限，让他的计算能力更加强大。最后黄超在生灵空间装进了一个半立方米的计算核心，有四个方舟反应堆为它持续供能。
尼奥已经学会了锡安基地基本的“船员”知识，然而这些不过是打打杀杀。黄超对此其实很无奈，难道他们不明白，在这个世界，就算在矩阵里打得再开心，又对机械大帝有什么损害？
不过自己人的高科技，还是先不要教尼奥了，他要是选择回归锡安呢？黄超和其他基地高层，都不是那种不懂珍惜的人。