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黄超大部分精神一直在矩阵核心之处，追随着史密斯的重生过程，在这个“意外”中，史密斯是不能出现了，一个具有感染程序能力的意志出现，他是黄超的精神分化，正是黄超超级智能的具现。
它甚至有个比较萌的名字，叫做黄超智智，当然在这里，他将自己整容为史密斯，这是整容术规则力量，他在具有史密斯外貌的同时，其实已经具有了这个程序所有的认证特征。所有矩阵中的程序，都会把这重生的程序当成史密斯，一切又回归正规。
在机械帝国中，机械大帝也在思考人类的动向，锡安的所为跟他计算相符，而华国出现了一些意外，但并不影响大局。“救世主只能出现在矩阵这样的精神联网中，这是人类的精神高度联合，催生出的不规则变量。华国想破解救世主秘密，根本不具备相关条件，他们没有矩阵这样的严格精神网络。”
华国自己的精神网络，是非常宽松的，矩阵之所以有神奇之处，正是因为它每时每刻在压榨亿万人的精神，那些人与外界断绝联系，全部生命意义都投入了矩阵之中。
即使是狂信徒，也不能向他们那样，不间断地祈祷一辈子。黄超把机械大帝当成邪神来看待，正是因为电影里各种暗示和隐喻。
“黄主任，我们的进展十分缓慢，那些细胞虽然复制出来，但是无法分离有效物质，克隆组已经克隆了数百个救世主胚胎，但是他们长成成人，还需要二十年时间。研究工作已经陷入停滞。”
在矩阵里，黄超和华国的黑客进行联系，他带着安慰的语气说道：“关键是矩阵，我们必须破解矩阵的奥秘。矩阵每隔几十年，就会有一个救世主出现，这件事说明了什么。我们要突破自己的心灵，必须要在矩阵中进行。外界的研究是基础研究，但是我们要提高战力，还是需要从矩阵入手。我现在已经待在了一个安全的地方，保证连续在线，我将亲自观察矩阵的变化。”
黄超伸出手，澄清的绿茶，从花纹古朴优美的茶杯中腾飞出来，在空中翻卷变形，成为一只水鸟，在屋子中自由的飞行起来：“你看，我现在做的还不错。我就要继续待在矩阵中。组织一个队伍，我要最精英的一批人，让他们来矩阵见我，我要带领他们开启自己的心灵。外界的研究必须按照计划进行，哪怕一时没有收获，但那最后将成为我们民族的财富。”
一批人马聚集到黄超身旁，其中张浩、郑玄也赫然在列。这些人都是华国的渗入者，因为他们本来就是在矩阵里解放心灵的人，战力和墨菲斯等人相当。
黄超笑道：“很高兴见到大家，现在我来给你们讲一讲人生哲理……”
同时，尼奥黄超接到其他船员的求救，有一个孩子已经觉醒，他正在被特工追逐。黄超处理这种事情驾轻就熟，他从云端飞下去，搅动起大团的云气，那个孩子已经爬到了楼顶，他发现自己被特工和警察包围，于是他仰天跳了下去。