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将全国四省，划为四个军区，兵员主要在当地招募，军官则采用上级任命形势，保持旧有的官兵异地原则。
从这一点上来看，这些主持变革的青壮派军官，已经变得成熟起来，开始考虑政治了，否则就冲军官都在当地这种现象，朱敬伦就不可能支持他们。
每一个军区，设一个总兵，总兵成为常设官职，但不能终生任职，这是考虑到法国軍队中论资排辈严重的问题，导致大批军事学校毕业的精英，不得不跟一群行伍出身的粗人一起混资历，軍队上层尽是一些老资格却没有什么文化的元帅。
这一条让朱敬伦犹豫了很久才同意，因为这个内容，显然有利于变革者，有利于这群从欧洲回来的少壮派，大明军中也有一批粗人，比如现在的黑狗，他不但是粗人而且是老资格，这个改革内容甚至有点针对他而设定。
但从大方向来看，軍队的专业化，知识化都必不可少。
每一个军区设常备兵和预备役，常备兵不用解释就是现役正规军，预备役则平时只保留军官架构，战时紧急征募预备士兵，迅速形成组织编制，进行简单的训练就能形成战斗力。
朱敬伦这次使用了政治手段，刚好一批淘汰下来的旧军官有个去处，让他们去预备役就职，尽管实权少了，但是职位和地位还在。
一个军区，原则上是十万人，同时用十年时间训练三十万预备兵，战时，可以扩充到四十万。
因此軍队编制就变成了军区总兵、军统领、旅帅、营官、哨官和队长。
军、旅一级皆设有参谋部，不过归主官直接管辖，负责参谋军务。
军区级则归总参谋部直接节制，总参谋部向皇帝直接负责。
保留过去的后勤部、人事部和财务部。
后勤部负责运输、采购事宜，但现在他们多了一个新的职责，那就是增添了一个分管铁路的局，负责跟工部管辖的铁路司进行对接，给铁路建设提供建议，平时制定铁路运输的演习活动，战时直接负责接管铁路。
人事部则管理军官升迁等职，人事部独立于任何军事机构，直接向皇帝负责。旅级以上军官，必须经过皇帝同意，旅级一下军官，人事部可以自己决定。
财务部负责编审预算以及批复经费等，财务部则受户部管制，但拥有直接向皇帝请示的权力，必要时候可以请求皇帝干涉户部拨款问题，防止发生西方国家常见的文官政府对軍队的压制和敌视，更防止出现中国式的文官集团利用财务压迫武将情况。
軍队改革总纲编制完成，朱敬伦批准之后，接着就开始编制具体实施细则。
这时候朱敬伦看的都心惊肉跳，这些少壮派的胆子太大了，他们几乎要将旧军官全都赶出军队去。
当年之所以是他们去出国留学，最大的原因是他们都识字，至于他们的文化水平，其实也并没有多高，只是这几年的学习，让大多数人都进步不小，回来就看不上那些出身底层的军官。
朱敬伦可没有这么大的胆子，他进行了干涉，改正其中的一些条目，真正退入预备役的军官，是到目前为止，实在是无法完成识字培训的，如果侯进现在还在军中，他属于被剔除的对象，但是黑狗却勉强能够读公文了，就不在此列，如果按照原来的改革方案，黑狗也是要被踢走的。
黑狗是留下了，但是一大批农民军出身的军官，却绝大多数都要被踢走。比如原先大洪国起义军投降过来的郑金就属于被清除掉的对象。不过这些少壮派倒是没有提精兵简政，要裁撤那些农民军出身的士兵，否则朱敬伦也镇不住。
当然主要还是这个时代，即便是西方国家，軍队中也充斥着大量的文盲，法国軍官之所以反智，很大原因就是本身就是文盲或者低文化水平出身，完成了义务教育的普鲁士、瑞典等国就没有反智情况。
但是容克管理下的普鲁士軍队，也崇尚农民士兵，那些容克贵族出身的军官，一直到一战时期，都不喜欢城市士兵，认为城市士兵太过奸猾，不如淳朴的农村士兵服从，一战时期的德军总参谋长小毛奇就发表过类似的言论。
因此不管怎么看，这些作为士兵的农民军士兵，都是相当优秀的兵员。