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耶和华神指示诺亚建造一艘方舟，并带着他的妻子、儿子与媳妇。同时神也指示诺亚将牲畜与鸟类等动物带上方舟，且必须包括雌性与雄性。
当方舟建造完成时，大洪水也开始了，这时诺亚与他的家人，以及动物们皆已进入了方舟。
《创世纪》如此形容洪水刚开始的景况：“当诺亚六百岁，二月十七日那一天，大渊的泉源都裂开了，天上的窗户也敞开了。四十昼夜降大雨在地上”。
洪水淹没了最高的山，在陆地上的生物全部死亡，只有诺亚一家人与方舟中的生命得以存活。
在二百二十天之后，方舟在阿勒山附近停下，且洪水也开始消退。又经过了四十天之后，阿勒山的山顶才露出。
这时诺亚放出了一只乌鸦，但它并没有找到可以栖息的陆地。七天之后诺亚又再次放出鸽子，这次它立刻就带回了橄榄树的枝条，诺亚这时知道洪水已经散去。
又等了七天之后，诺亚最后一次放出鸽子，这次它便不再回方舟了。诺亚一家人与各种动物便走出方舟。
离开方舟之后，诺亚将一只祭品献给神。耶和华闻见献祭的香气决定不再用洪水毁灭世界，并在天空制造了一道彩虹，作为保证。
在《创世纪》中，神如此保证：“我使云彩盖地的时候，必有虹现在云彩中，我便纪念我与你们和各样有血肉的活物所立的约，水就再不泛滥、毁坏一切有血肉的物了”
“你们看，那是什么？”
顺着洛基所指的方向，苏默他们看到了一个巨大的箱子，箱子一共有三层，每一层都有些小窗户。巨大的箱子甚至已经超过了一搜游轮，甚至连泰坦尼克号都没有它的体积大。
“神明到底是什么？是好的还是坏的？上帝呢？”
矢神龙崎看着巨大的方舟，不禁感叹道。
矢神龙崎看过很多书，知道方舟的神话，对于上帝的行为非常的不解，为什么上帝要把自己创造出来的活物全部消除？就像矢神龙崎不理解上帝制止人类建造通天之塔一样。
上帝对诺亚说：你要用歌斐木造一只方舟，分一间一间的造，里外抹上松香。方舟的造法乃是这样：要长三百肘，宽五十肘，高三十肘……你和你的全家都要进入方舟，凡洁净的畜类你要带七公七母，不洁净的畜类你要带一公一母，空中的飞鸟也要带七公七母。因为再过七天，我要在地上降雨四十昼夜，把我所造的各种活物，都从地上除灭。
诺亚就遵循着上帝的吩咐行事了。当人和各样活物都进去之后，过了七天，洪水泛滥在地上；大渊的泉源都裂开了，天上的窗户也敞开了；水势在地上极其浩大，天下的高山都淹没了。
所谓神明，真的就和神话中说的那样，是正义的化身的吗？还是只不过是一种美化？