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随着控制的地盘越来越大，台湾三司也正在进行改组，改组后的台湾巡抚衙门下设一个行政院，一个元帅府，双权并立。南居益兼任行政院主官，马城自然掌管元帅府，初步实现了马城构想中的军政分离，自然台湾军政不可能完全分离，两府之外还有一个庞大的台湾开发银行，也有极其的权柄。
马城元帅府下设一个都镇抚司，一个军屯司，一个参谋司，一个军纪司，统领行省内各营兵马，此外还有一个通政司，各司设置了主官一员，副官两员，各司主官都是四品，副官都是五品。
战云密布，葡萄牙人穿来的消息说，荷兰人在本土，印度集结了舰队，总计十五艘四桅风帆战舰，大小武装商船百余艘，杀气腾腾的冲向马六甲。爪哇方面，荷兰人集结了一万两千兵力，走马来亚夹击马六甲城，荷兰人的实力让马城头大如斗，这应该是荷兰人在亚洲的全部力量了。
陆战，马城自然不俱葡萄牙人。
海战，马城却担着十二万个心，台湾水师有主力舰十八条，葡萄牙人有六条，武装商船的数量却大大的不如。
参谋司，此时陷入争论，产生了极大的分歧。
一些参谋主张水师避而不战，以岸防重炮封锁马六甲海峡，集中兵力围歼马来亚方向的葡萄牙陆军。另一派主张全民动员，在福建，台湾，广东沿海招募义兵，用人海战术淹没葡萄牙舰队，两派意见相持不下。
参谋司，军议。
马城，南居益两人端坐上首，看着几十个参谋辩的面红耳赤，南居益也早适应了参谋司辩论起来昏天黑地的架势，老大人倒是极欣赏这种气氛，还说理不辩不明，可也不能胡搅蛮缠，总要辩些道理出来。两派观念对立，南居益自福建巡抚任上提拔的下属，大多主张正面迎敌，用人海战术淹没葡萄牙舰队。
这倒也在情理之中，南居益就曾经在福建巡抚任上，靠人海战术打败过荷兰人。
这一派人的主张占据了上风，多半是举人，甚至进士出身的读书人，大明天朝上国么，哪有避而不战的道理。仿照前例悬赏死士，对出海作战的人员发出赏格：参战者每人给银二两，若战事延长，额外增给五两。每只火船十六人，若烧了荷兰船给银二百两，一个荷兰人头给银五十两。考虑到当时朝廷的七品官月俸，月俸也不过白银五两左右，这个赏格相当之高。
重赏之下必有勇夫，荷兰人的舰队不怕火船么。
另一派人则是一个水师把总出身的参谋，叫张永产，此人的来历颇为复杂，他是福建人，先水师大帅俞大猷的同乡，福建水师溃败后，张永产只得赋闲在家，后来走了同僚的门路到台湾水师任职，因为读过书还中过举人，便被推荐到参谋司专门研究海战，话句话说，此人在台湾镇军中是个没什么根底的杂牌。
张永产极力反对正面迎战荷兰舰队，理由是他详细研究过葡萄牙人送来的情报，认为葡萄牙舰队比数年前那一支，强大的多。这支来袭的葡萄牙舰队，装备了最新式的滑膛加农炮，新式战舰吃水量高达一千五百吨，葡萄牙人的情报十分含糊，然而从排水量来判断，这种新式战舰很可能火力十分强大。
一千五百吨级的战舰，从未见过，性能如何还一无所知。
张永产认为葡萄牙人没说实话，显然隐瞒了荷兰人主力战舰的性能，为何如此，因为葡萄牙人没安好心。此人一番高谈阔论，让马城和南居益两人同时警觉，此话是大有道理的，葡萄牙人很可能没说实话。马城眉头大皱，一千五百吨级的风帆战列舰是什么概念，这可真是个庞然大物。
台湾水师主力战舰都是盖伦战舰，最大排水量也不过千吨。