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随着玖辛奈的受伤，困住九尾的封印术越来越弱，波风水门也是无法，想了一些办法，最后都排除了。波风水门转过身子对着玖辛奈说道：“有什么话对鸣人说的，你就说吧，我会将你的查克拉封印到鸣人体内，以后鸣人会看到你的！”
听到水门这么说，玖辛奈就知道水们的打算是什么了，于是对着襁褓里的鸣人开始嘱咐。而这时的波风水门就开始结印道：“巳-亥-未-卯-戌-子-酉-午-巳，忍法，封印.尸鬼封尽。”瞬间，波风水门的身后就出现一个身穿白衣的巨大虚影，就是死神，嘴里还含着一把大刀。
而死神前面，就看到一个灵魂体被捆绑住，波风水门听到玖辛奈已经嘱咐完，于是将九尾的查克拉一分为二，将阳属性的的九尾查克拉封印进入鸣人的体内，让鸣人作为下一代九尾人柱力留在木叶。
而另一半九尾的阴属性则是被波风水门封印进了自己的体内。这时，三代目猿飞日斩飞了过来，波风水门就对着他说道：“三代目大人，鸣人以后就交给你了，帮我好好照顾她，别告诉他我的事。”
猿飞日斩也是急忙答应下来，波风水门见到后就朝着玖辛奈一笑。而这时，死神已经抓波风水门的灵魂，拿下口中的刀，一刀斩下，并将波风水门的灵魂吞入口中，随即消失不见，水门夫妻也是双双死亡。
一代天才，火之国木叶忍者村的四代目火影，木叶三忍之一自来也的弟子，拥有冷静睿智的头脑，实力高超，速度冠绝忍界，被誉为“黄色闪光”的男人，在九尾袭击木叶事件当中而牺牲，令人咋舌可惜不已。
至此，九尾之乱结束。
三代目猿飞日斩将鸣人抱起，同样流露出伤心的表情。除此之外，木叶上忍阵亡12人，中忍47人，平民伤亡上百，损失极为惨重。
第二天，当止水听到这件事后也是痛惜不已，毕竟木叶的‘金色闪光’还是死亡了。
九尾之乱告一段落，而几天后，木叶又开始恢复繁荣。这天下着雨，三代目火影猿飞日斩再次宣布就任火影一职，并带领众人参加葬礼。
而在木叶底下的‘根’，这时的志村团藏却是气得不行，原本以为将三代逼下台，把大蛇丸逼得反叛村子之时，却没想到猿飞日斩给他玩一个釜底抽薪选了四代目水门；刚又等到四代火影波风水门死亡下台，本该选择一个五代火影，趁着自来也和纲手都不在村子，自己则最有希望的，可是却没想到猿飞日斩着昔日的好友再次摆了自己一道。与火影之位失之交臂。
志村团藏实在气得不行，只听见‘砰’的一声，志村团藏将手里的杯子摔个粉碎。发泄过后，团藏只得咽下这口气，把打碎的牙往肚子里咽。
木叶终于恢复了正常，忍者学校也是开始正常上课，而止水则是准备实行自己的计划，从迈特凯手中将八门遁甲拿到手。
这天下午放学，止水并没有回家，而是往迈特凯平时训练的场地走去，可是不知道是不是因为九尾之乱，迈特凯并没有来这里进行训练，止水只得失望的往宇智波一族的族地走去。
止水回到家后和鼬比试了一番，当然，还是以鼬的落败告终。晚上，止水再次盘坐到地板上，将体内‘活’细胞的查克拉进行提取储存，果然，这万分之二百‘活’细胞就是比不能控制的大一些，而且储存的查克拉也多了不少。
但是，止水发现，自己能控制的‘活’细胞数的速度并不能满足自己的需求。止水叹了一口气，自言自语道：“果然还是得将八门遁甲弄到手才行啊。”止水修炼了一会儿觉得无趣就开始入睡。
第二天，止水早早醒来进入修炼状态，这时外面的天才刚刚微亮。鼬只知道止水的实力强，却不知道的是止水不管每天如何忙碌，都从不曾放下过修炼。
而今天，止水从修炼状态醒来，在和宇智波富岳一家吃完饭，就带着两份便当向学校走去。
刚刚进教室门口，止水看到雨流仙儿笑嘻嘻的看着自己，止水也笑了起来走了过去说道：“哟，仙儿，今天是有什么高兴的事吗，要不要和我分享分享啊？”
雨流仙儿也是笑着说道：“止水，你不知道，昨天团藏大人来到我们孤儿院了，而且还带来了大量的物资，说以后孤儿院每个月都会有那么多的物资呢，这下可好了，院长姐姐终于不用担心了，而且弟弟妹妹们都可以吃饱饭了呢，真是太好了！”
止水听完后也是说道：“那可真是一个好消息啊。”说完这句话，止水却知道团藏这是准备把孤儿院控制在手里，准备作为‘根’部的人员供给部了，虽然这次在九尾之乱中团藏并没有让‘根’部参战，可是对于木叶的‘根’，很多肮脏和危险的事是不可避免的。
但是团藏却不敢将各大家族的天才吸纳进去，毕竟他想要当火影，就离不开木叶各大家族的支持，也不敢将之得罪的太狠。虽然‘根’的人员不少，甚至可以说超过了木叶暗部，但是‘根’的人员死亡率太高，所以团藏不得不将手伸到孤儿院。