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首先，原作中陆战队虽然损失惨重，但好歹还是有几名队员活着从异形巢穴逃了出来，但这一次，前往探索的队员全军覆没，尽数成为了异形的食粮；接着，在众人联络登陆艇，希望留守登陆艇的两名队员前来接应时，尽管那两人仍未逃脱被异形袭击，进而导致飞船失事的命运，但飞船坠毁的位置有了些微妙的变化，它没有和原剧情一样一头撞在“哈德利希望”上，破坏掉聚变反应堆脆弱的冷却系统，而是砸在了荒地上，炸成了一团炽热的火球。
而最后一个变故，则是出现在“主教”前往通讯塔的时候…当他费尽千辛万苦，爬过狭窄的通风管道抵达那里时，却发现了一个令人绝望的事实：也不知是巧合，还是异形故意为之，那里的高功率通讯设备，居然被蛮力和酸液给摧毁了，这也意味着“远程遥控‘苏拉克号’投放备用登陆艇，从而逃出生天”的计划宣告了破产。
而正是这三个变故，最终导致了“剧情人物全灭”的结局，只有“主教”作为人造人，不像有机生命体那样会招致异形的主动攻击，这才勉强逃过了一劫。
但“人造人”这个身份，并不是万能的护身符，若是他的动作引起了异形的警觉，依旧会被对方拆成零件。而在队友全灭之后，出于强烈的责任心，“主教”再次前往了通讯塔：那里旧型号的备用发信装置，虽然无法执行“远程遥控”这种操作，但“发送信息”这种最基本的功能，却还是具备的…主教认为，他有必要向人类发出警告，警告他们LV-426行星已经被异形所占领，没有必要投放任何形式的救援队或是陆战队，应当直接用超级武器对这里进行“核平”。
他成功地发出了信息，但当他原路折返，回到主控室时，却好巧不巧地与一只异形打了个照面。“主教”毕竟不是战斗型的人造人，并没有搭载任何的武器，机体也没有进行特殊的强化，所以只是一个照面，就被异形撕成了两半…好在他“装死”之后，异形就对他失去了兴趣，拖着他的下半身残躯不知道去了哪里。而在异形离开之后，他这才敢靠着两条胳膊，艰难地挪动到办公桌底下，躲了起来。
他关闭了一切非必要的机能，保持着接近休眠的状态，在这里一动不动地躲藏了数日，直到叶梓一行的到来…以上，便是“主教”的故事了。
在讲述了事情的来龙去脉之后，“主教”同时也介绍了他们研究出的异形的生态…叶梓仔细地听完了他的介绍，并确认了这与她和楚轩所了解的异形设定别无二致，便向他表达了感激，随后口称需要和同伴们商量一下求生的计划，带着众人走进了主控室的另一个房间。
“正如你们听见的那样，异形二的剧情发生了极大的改变。”叶梓脸色严肃，语气也多了几分冰寒之意，望向了若有所思的众人：“若是剧情没有发生改变，我们只需要阻击异形，并跟着女主角一行逃上备用登陆艇…同时避免异形女王与原作一样，抓住起落架混上飞船，就能坐视全部异形葬身于聚变反应堆的爆炸之中，接着再在“苏拉克号”飞船上等上七十二个小时，便可以安然回归主神空间。在拥有高斯武器带来的火力优势，再加上我和郑吒都身具超凡，还解开了基因锁的情况下，这并不会太困难。”
“但是现在，为了完成主神的任务-击杀异形女王，我们却是不得不杀入异形的巢穴，与它进行硬碰硬的正面对决，没有任何取巧的余地，而且…”
“电脑上的信息，我已经全部调查完了。”就在这时，楚轩那毫无感情的声音从一旁传来，打断了她的话语。叶梓扭头望去，正好见到他不疾不徐地走进了房间，从他的扑克脸上根本无法看出，他即将带来的究竟会是个好消息，还是个糟糕透顶的坏消息。而楚轩一边走向了众人，一边继续开口道：“我找到了不少有趣的情报，而对于我们来说，其中最重要的一点是…”
“殖民地中的人类数量，并不是原剧情中的158人。”