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日期在手机屏幕中跳动，以二十四小时一格的速度。
盛夏祭结束之后，学园都市又恢复到了以往的平静，享受暑假生活的人继续享受着，在暑假补习班中奋斗的人依旧在奋斗者。不幸的上条当麻在桃花体质的加持下，在霉运与美色中仍旧沉沦着。
而御坂美琴和她的朋友们，也在一场场事件中不断加深着友谊，体味着青春的味道与战斗的美妙。
直到一位拎着军用防风镜，有着一头茶色短发的少女在御坂美琴面前的出现。
御坂美琴那平静的内心，掀起了滔天的波澜！
军用克隆体，御坂9982号！
亚雷斯塔针对御坂网络散播至全球而准备的计划早已被他废止，但这不表示‘绝对能力者进化计划’便被永久性冻结。
说到底，亚雷斯塔不过是整个事件的幕后黑手与推动者，并没有实质性的参与到整个计划之中。而在进行‘绝对能力者进化计划’的木原幻生等人的眼中，他们便是计划的一切，是这个计划的最终获益者。因此就算亚雷斯塔下令让他们停止这个计划，他们都不一定会真的执行！
亚雷斯塔也没这么做，他只是从整个计划中抽身而出，并消去了他在计划中存在的痕迹，而后便没有了动作。
这也使得御坂美琴与御坂9982不期而遇，并在随后得知了‘量产型能力者计划’与从它的基础上诞生的‘绝对能力者进化计划’！
“一切杀戮的起源，都源自我在樋口制药献出的dna图谱，到头来，错的还是我！”
明亮的路灯下，街道旁一间电话亭中，御坂美琴看着屏幕上那不含任何感情的字眼，大脑却是一阵阵的眩晕！
她清楚的感受到，在那些文字的下面，掩盖着近一万名少女的尸体，她们用没有丝毫神采的瞳孔绝望且无助的看着她，用冰冷的目光一遍遍谴责着她！
那是她的复制人，也是她的妹妹们！
“品雨大学附属dna地图解析研究所、磁气异常研究所、西学医疗研究所、生化医学研究细胞研究所、动研思考能力研究所……竟然有超过二十多所研究设施在参与此项实验，在你们眼中，利益难道就真的比生命更重要吗？好吧，我明白了，计划必须终止，为此哪怕双手要沾染上你们的鲜血，我也在所不惜！”
御坂美琴目光冰冷的盯着屏幕上关于参与‘绝对能力者计划’的研究设施的名称，这一刻的她已不再是那个带着孩子气，贯彻着正义与善良的少女，而是一只被怒火和自责吞噬了理智的野兽。
此时此刻御坂美琴的状态若用一个词来形容的话，那就是——黑化！
确定了研究设施的位置，黑化版御坂美琴施展能力，把身体化为一个磁铁，吸附在含有钢筋结构的墙壁上，以飞檐走壁的方式向着研究设施的方向疾驰而去，不久之后，便来到了第一个目标——品雨大学附属dna地图解析研究所之前！
紧接着，便是一道耀眼的雷光！
十亿伏特电流顺着一切能导电的物质在大楼内肆虐而过，一台台电脑被摧毁，一个个与电有关的仪器宣告寿命终结。而后，因承载不足强大能量而爆炸的导电体化作炙热的能量流摧毁了附近的一切，桌椅、玻璃、地板……乃至墙壁！
刹那间，爆炸声从大楼的第一层绵延至最后一层，刺耳的警报声中，一道黑色烟柱出现在学园都市的夜空之下，被周围建筑物的灯光反射出一种不祥的颜色！
这一夜，学园都市中有六座建筑遭到了袭击。风纪委员闻讯而至，却被告知是大楼自身原因。虽明眼人都看得出来这是人为事件，但因当事人不予追究，最终不了了之。
而奔波了一夜的御坂美则拖着疲惫的身躯回到了宿舍，表面上摆出一副若无其事的样子。白井黑子虽察觉到一丝异常，但见御坂没有与她商量的意思，也就没有过多追问。
就这样，日子一天天的过去，袭击事件也在每天夜里持续发生着。御坂一次次的早出晚归让白井心中的不安越来越重，她已经把‘姐姐大人每天清晨才回来’与‘袭击事件每晚都在发生’隐约联系在了一起。
终于，在八月十九日这天到来之际，压抑不住内心不安的白井瞒着姐姐大人，来到了佐天泪子的宿舍。
“我需要你的帮助！”
刚一见面，还未进门，白井便说出了自己的请求。