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在文华殿，吴应熊继续对明帝朱慈烺说起孙元化的往事——袁崇焕一死，那些离开辽东的毛文龙旧部，投奔到孙元化的帐下。其中毛文龙的干儿子孔有德、耿仲明等，被任命为参将。当他得知孔有德还精通火炮，更是高兴地说，你的到来，让我的强军之梦指日可待。果然，不到两年，这些辽人就在他和外籍教练的训导下，练就成一支掌握火炮、战术先进的强兵劲旅。但这支劲旅属于募兵，没有军户供养，必然要朝廷发饷。然而明末拖欠军饷，习以为常。为了催饷，孙元化不断上奏，他的奏章中时有过激之语，直指有关京官。狷狂的孙元化，还和他们打起了笔墨官司，为已埋下了日后遭到小肚鸡肠之人报复的祸根。
崇祯四年八月，皇太极率兵数万，围攻大凌河城，大明悍将祖大寿受困城内，形势相当危急。因为大凌河属于孙元化的管辖区域，他便急令孔有德率部由海路抄袭后金的后路耀州。
孙元化亲自设计监造了数百艘配备火炮的大明战舰，把辽人中有过海盗经历的毛文龙旧部，组建成一支精锐的水师出征。但孙元化的偷袭计划，在恶劣的天气中夭折，因为出发当天，渤海湾突然刮起大风，舰队刚刚出海就被迫返航。
孙元化为此对孔有德大发脾气，严令他率骑八百，陆路驰援。孔有德只能满腹怨气地奉命上路。可是途经吴桥时，天气又出了问题。这一年，冬天来得特早，一场罕见的大雪突然降临，部队的给养无法跟上。当地百姓又对这批辽兵抱有成见，他们一到，就闭门罢市，让这些当兵的挨冻受饿，怨声载道。
然而，谁都不曾想到，引发兵变的导火索，竟是一只老母鸡，这只老母鸡，改变了大明朝的国运。
那天，一个饿极的士兵从东林党人王象春的家仆手中抢走了一只老母鸡。王象春号称“浪里白条”，是个典型的好斗分子。他得知老母鸡被抢，便对孔有德施压，要他严惩那个士兵。高压下，那个盗鸡的士兵被“穿箭游营”，公开羞辱。这就激怒了早就不满、无处发泄的众辽兵，他们击杀了那个在一旁观望、颐指气使的家仆。事情闹到这一步，孔有德知道众怒难犯，便想花些银子私了，然而王象春的儿子不肯罢休，坚持要查明真相。就在孔有德左右为难时，一个决定性的人物出现了，他就是孙元化派出的携带巨款购买战马的李九成。此人也是毛文龙的旧部，他嗜赌成性，把购马的巨款输得精光。他儿子李应元在孔有德的军中，他怕儿子受到牵连，就去通知儿子，准备一起潜逃。当他来到吴桥，正巧遇到了“母鸡事件”，得知孔有德的处境，于是李九成就抓住这个机会，煽动他发动兵变。
本来，孔有德就一肚子怨气，一经煽动，就铤而走险了，叛变大明了。
孙元化得知孔有德在吴桥发动兵变，当然震惊。但他心肠太软，没有及时采取果断措施，而是想用招抚来平定兵变，失去了镇压叛军的最佳时机。孔有德十分狡猾，在形势不利时，表示愿意接受招安，可是一得喘息，就毫不犹豫地继续猛攻。他充分地发挥了从孙元化那儿学得的步炮协同的先进战术，把那些抵抗的官兵打得丢盔弃甲。加上沿途都有小兄弟们作为内应，很快就连陷四城，兵临登州。最后一战，双方都动用了火炮和火枪。
孙元化没有退缩。可是，和他一起抵抗的居然不是他的部下——那些SD军户的军丁，而是请来的葡萄牙籍的洋教练。钱饷不够，为了保证辽兵训练的积极性，孙元化只能委屈那些萎靡不振的军户军丁，把有限的钱饷用在辽兵身上，无法做到公平。在这关键时刻，那些一直感到委屈的军户军兵丁，岂会随他血战到底？当时，城里有四十多名洋教练、为了守住登州，他们亲自操纵火炮，和他们的学生打了一场激烈的攻防战。孙元化跟唐时升学过剑术，是个剑道高手。他在城破最后时刻，视死如归，挥剑和叛军奋战，最后在数支火枪面前，毅然举剑自杀，只因孔有德及时赶到，击落他的宝剑，使他没能杀身成仁。
孔有德当过矿工，也当过海盗，很讲江湖义气。他敬重孙元化的为人，对他在困难时收留自己，一直心存感激，所以俘获孙元化后，马上向他表示，如他愿意“共图大业”，可以举他为王。但是，这一建议遭到了孙元化的坚决拒绝。最后，孔有德还是念及旧恩，把他放了。
孙元化一被放出，就被大明的镇抚司逮捕，押往京城在他身陷敌营时，那些曾被他得罪过的京官们，已经认定他反叛投贼，如今，面对放归的孙元化，如果不把他打成叛贼，以前的认定岂不成了诬陷？所以他们抱成一团，咬住孙元化不放。此时，徐光启坚定地站出来为孙元化辩解，称他决不会叛变投敌，并向崇祯皇帝表示，愿以全家性命担保孙元化的忠贞。对此，当时的首辅也就是内阁总理周延儒，也想放过孙元化。
但周延儒的政敌——也就是那个力主处死袁崇焕的温体仁，一直觊觎着首辅宝座。此时，温体仁看破了周延儒为孙元化开脱，是为巩固自身的地位，想把政治上一直保持中立的徐光启拉到他的一边，他马上把周延儒和孙元化扯在一起，不断在朝中暗中煽风点火，说周延儒袒护孙元化，是曾收过孙元化的好处，这就引起了更多人的愤怒。明末的乱局中，从来不缺敢于说话的大臣，这些人并不都是坏人，但是他们过于喜欢表现自己，把偏执等同于刚正不阿。一些大臣在温体仁的煽动下死盯住孙元化不放，非要置他于死地。他们抓住徐光启最为不利的一面大做文章，就是他和孙元化不但是师生关系，而且其子和孙元化是儿女亲家。他们还详尽地拿出吴桥兵变造成的重大损失，犯颜问先皇崇祯是不是秉公办事的明君。
于是，先皇崇祯为了表示自己是位“秉公办事”的明君，终于下定决心，处决了孙元化。这一年，孙元化五十一岁。
朱慈烺听完吴应熊将的孙元化的往事，唏嘘不已，但他小声说：“先皇赏罚分明，秉公办事，并没有错啊。”