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为了取得在即将建立的朝廷首席大学士职位，凤阳总督马士英抓住史可法为拥立桂王而列举福王“七不可立”的来信作为把柄，又针对南京等地东林党人拥潞之声甚嚣尘上，带领兵马护送朱由崧直抵浦口，并且在立福已成定局的情况下发文声称：“闻南中有臣尚持异议，臣谨勒兵五万，驻扎江干，以备非常，志危险也。”
史可法知道自己上了大当，攻击福王的书信落在马士英手里，白纸黑字，有口难言，他除了满腹悔恨地默默跟随福王朱由崧由浦口乘船前往南京就任监国以外，别无其他选择了。随即马士英便带领五万大军杀气腾腾的护送朱由崧来到南京浦口。
大势已定，满心悔恨的史可法，还有东林党人也只好接受这个现实了，福王朱由崧在史可法陪同下，乘舟抵达南京城外燕子矶，南京官绅均往朝见。
不久，朱由崧登岸，先拜谒孝陵然后从朝阳门进南京城。文武百官朝见后商议立福王为主究竟应当立即登基为帝还是暂用监国名义，这里的区别是登基后就没有改变的余地，监国则尚有退步。有的大臣考虑到崇祯三子下落不明，而他们之中任何一人都是较各藩王更符合继承帝位的人选，因此主张再等待一段时间。
最后，朱由崧在南京就任监国，用黄金铸造监国宝，颁谕天下说：“孤避乱江淮，惊闻凶讣，既痛社稷之墟，益激父母之仇。矢不俱生，志图必报。然度德量力，徘徊未堪。乃兹臣庶，敬尔来迎，谓倡义不可无主，神器不可久虚，因序谬推，连章劝进，固辞未获，勉循舆情，暂受监国之号，朝见臣民于南都，孤夙夜竞竞，惟思迅扫妖氛，廓清大难。德凉任重，如坠谷渊，同仇是助，犹赖尔臣民。其与天下更始，可大赦天下。”
就任监国之后，朱由崧依照廷臣的推荐，任命原南京兵部尚书史可法为东阁大学士兼礼部尚书，入阁办事；马士英加东阁大学士、兵部尚书、右副都御史衔，仍任凤阳总督。而就在这时，吴三桂携带太子朱慈烺返回京城登基称明帝的消息传来，教过太子读书的老师方拱乾、杨士聪，还有司礼监太监马朝进和东宫伴读丘志忠等人也从京城回到南京，说吴三桂拥立的太子为真，史可法和东林党人这才松了一口气，暗自庆幸自己办事留有余地，力请福王朱由崧去掉监国之号，臣服明帝！
在朝堂上，福王朱由崧收到史可法请“去监国之号，臣服明帝”的奏章，脸黑得像黑炭，三十七岁的朱由崧，小字福八，却一点福也没有，这一辈子历尽坎坷，李自成陷洛阳，他的父亲朱常洵缒城出，藏匿于迎恩寺，后被搜出遇害。朱由崧自己缒城逃脱，前往怀庆避难，崇祯十七年怀庆闻警，朱由崧又逃亡卫辉，投奔潞王朱常淓，三月卫辉闻警，朱由崧又随潞王逃往淮安，一直躲在船里，三月十八日才上岸，好不容易斗智斗勇，当了监国，吴三桂又携带太子朱慈烺返京城登基称明帝，他不甘心这么认命，不甘心让位，他望了一眼东阁大学士、兵部尚书马士英，道：“听说当时李自成的贼军围城跟铁桶一样，连一只苍蝇都飞不出去，这京城的太子不会有假吧？”
马士英还没吭声，史可法道：“臣让教过太子读书的老师方拱乾、杨士聪，还有司礼监太监马朝进和东宫伴读丘志忠等人到京城辨认，已确认吴三桂拥立的太子为真。”
福王朱由崧很忐忑，道：“听说那平西伯吴三桂勾结满清，我侄儿不会入了董贼那样的豺狼之手吗？”
史可法知道福王朱由崧说的董贼就是三国时的董卓，他不认同把吴三桂比作董卓，反驳道：“先帝以圣明之主，遘变非常，即枭逆闯之头，不足纾宗社臣民之恨，是目前最急者无逾于办寇矣。平西伯因其顺势，先国仇之大，而特宥前辜，借兵力之强，而尽歼其丑类，亦今日不得不然之著数，乃当世之豪杰也！”
这时，以钱谦益为首的东林党人也力请福王“去监国之号，臣服明帝”，钱谦益于是向福王朱由崧报告了一个重大的军情：“宁南伯左良玉已经率军二十万顺江东下，支持太子朱慈烺。”
因为左良玉的做官曾得力于侯恂的推荐，侯恂本是东林党人，左良玉是站在东林党人的一边。
另外，李自成在居庸关战败，左良玉利用这个时机收复了湖北西部的荆州、德安、承天，这时左良玉拥有八十万兵力，号称百万，前五营是他的亲兵，后五营是投降过来的士兵。湖广巡抚何腾蛟以及总督袁继咸住在江西，他们都跟左良玉很友好，这一带都宣布效忠明帝朱慈烺。
更重要的是，太子朱慈烺即位后，吴应熊未雨绸缪，让明帝加封左良玉为平南王。
史可法又说，明帝已经派使者到南京，加封黄得功、高杰、刘泽清、刘良佐为四镇军官为伯，他们的子孙世袭官职。
马士英一听，内心的防线彻底奔溃了，自己那五万兵，就算齐心协力，也打不过左良玉，更何况明帝还分化了他的手下，再怎么挣扎也没用了，于是原本一言不发的他，也开始劝福王朱由崧认命，否则自己也保不了他的小命。
朱由崧众叛亲离，欲哭无泪，没有办法，只好宣布取消监国的称号，做回自己的福王，南明朝廷自行解散。
最终，史可法带领在南京的六部大臣北上辅政，南明归心，大明朝的政权重新初定。
新皇朱慈烺决定成立新禁军，从左良玉、马士英、吴三桂、唐通、白广恩、姜襄等各军营中抽精兵三千，一共六万人，交给吴应熊、何承志、满云龙三兄弟训练，拱卫京师。