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间桐雁夜的遗体在圣杯战争结束后下葬，按照其生前遗言，遗体采取火化，用于净化间桐雁夜“肮脏”的灵魂。
冬木市圣堂教会成员言峰璃正与言峰绮礼二人先后死亡，圣堂教会重新派遣了教会在冬木市的负责人巴泽特弗拉加马克雷密斯。
失去魔术师资格的肯尼斯诈死，卸任埃尔梅罗家家主，家主之位移交肯尼斯侄女莱妮丝埃尔梅罗阿奇佐尔缇，其本人则投身于修复埃尔梅罗家源流刻印的工作。
在圣杯战争中失败，却幸运地保留了自身性命的韦伯维尔维特历经波折，返回时钟塔。由于盗窃其老师肯尼斯圣遗物，独断专行地参加了圣杯战争，间接地导致了老师的“死亡”（韦伯并不知道肯尼斯依然存活的消息）而满怀愧疚之情，出于赎罪的心理，以及为了证明伊斯坎达尔的眼光，做出一番事业证明自己，采取了一系列行动。
韦伯从交好的朋友处借下大笔金钱，重新租下老师肯尼斯遗留的教室，以讲师身份讲学。
尽管韦伯维尔维特在魔术方面的造诣受天分约束无法登峰造极，但凭借独特的智慧、深刻的责任心、身为研究者的天分，在埃尔梅罗教室讲学与研究期间，逐渐成长为独当一面的优秀老师。培养出大量魔术师可造之材。
在莱妮丝埃尔梅罗阿奇佐尔缇的中介下，韦伯维尔维特成为肯尼斯学生，并继承肯尼斯的君主之位，在莱妮丝埃尔梅罗阿奇佐尔缇未成年前，代其行使家主权力，并支撑起埃尔梅罗家族。
肯尼斯以间桐樱魔术老师身份，于间桐家长期居住。事实上代行了一部分间桐家家主权力。而剩下的更主要的权力则由担任间桐家总管的赵云负担。
远坂家仅剩主母远坂葵与远坂凛母女二人。根据魔术界约定俗成的规定，远坂家家主之位由继承远坂时臣血脉的远坂凛继承。由于所受的是刀剑造成的狭小物理伤害，远坂时臣体内魔术刻印保留尚且完好。而远坂凛天分足够，在继承父亲魔术刻印之时没有出现任何问题。
尽管失去了远坂时臣导致远坂家家道中落，但在远坂葵的行动下，远坂家依然缓慢地恢复着生机。
由于圣杯中饱含此世全部之恶安哥拉曼纽的力量，接触到黑泥的普通人类……卫宫切嗣受到了严重的诅咒与伤害。身体状况每况愈下，最终在圣杯战争五年后身体崩溃而死。伊莉雅斯菲尔交由义母久宇舞弥照看。
在卫宫切嗣身死前，与第四次圣杯战争唯一幸存的英灵berserker赵云一同，在冬木市大空洞圣杯战争魔术仪式所在位置安置了“瘤”。在圣杯战争再一次发生之前，“瘤”将会摧毁大空洞，进而摧毁圣杯战争仪式的基础。
又五年后，也即第四次圣杯战争结束十年后，由于未知原因，可能为圣杯内部安哥拉曼纽的意识认识到自身即将被毁灭，提前开启第五次圣杯战争。
已经十五岁，继承间桐家家主之位，在十年的学习中掌握高规格虚数魔术的青年魔术师间桐樱，携第四次圣杯战争幸存英灵赵云强行弹压新召唤出的七名英灵以及御主，第五次圣杯战争在两日内结束，伤亡较第四次圣杯战争几乎可以忽略不计，但依然造成了近十名无辜民众的死亡。
为避免同样的错误再次发生，肯尼斯、埃尔梅罗二世（继承君主之名的韦伯维尔维特）、间桐家现任家主间桐樱、远坂家现任家主远坂凛齐聚冬木市大空洞，拆毁圣杯相关一切法阵与设施。圣杯战争的历史自此结束。
今夜，冬木市的夜空中悬挂着的并非月亮，而是一轮圆形的黑洞。
随着六名英灵的灵魂被填入圣杯，打通世界内外侧，令世界穿孔的力量开始显现其威力。这悬挂在夜空中深邃的黑色无底洞，正是通往“根源”的道路的雏形。
如果有人在近距离盯着这深邃的黑色无底洞看的话，他一定会感到发自内心的恶寒。
这种发自内心的恐怖，一方面来自于对力量与毁灭的恐惧，另一方面来自于对原初恶意的战栗。
能够令世界穿孔的力量自然不容小觑，面对能够焚山煮海毁灭一切的庞大魔力，任何人类都会感到恐惧与臣服。
而当这份庞大的力量被安哥拉曼纽染上“此世全部之恶”的颜色以后，这份恐惧更进一步。
自然的伟力暴风、地震、火山、海啸等等固然令人畏惧，但这份力量并没有包含恶意，只是单纯的力量。而当这份力量被有心人利用，就成了灭绝人类的力量。
在烈焰长时间的灼烧下，冬木市市民会馆的木质结构终于还是被破坏，于废墟之上，一盏通体金色的大型酒杯悬浮着，隐约中，能够感受到这黄金圣杯与天空中那深邃的孔洞间神秘的联系。
圣杯的内侧，闭目沉思许久的卫宫切嗣睁开双目：
“绝不能令圣杯真正成型，凭借圣杯的魔力等级，哪怕毁灭所有人类力有未逮，但摧毁这个国家恐怕并不是虚言，这会是一场巨大的灾难。”
berserker点了点头：
“果然你还是做出了选择。可是你想好了吗？尽管这个圣杯已经被污染，但它的确能够实现你的愿望，让你的妻子爱丽斯菲尔复活对圣杯而言并不是什么做不到的奇迹。”
“奇迹？爱丽是那么善良的一个人，若是爱丽知道自己的复活竟是以如此多的无辜的人的牺牲作为祭品才换来的，她也一定不会接受！可是……”
卫宫切嗣痛苦地叹了口气。
“怎么了？”
卫宫切嗣的视线飘向远方：
“原本，我与爱丽的想法是，只要我们能够获得圣杯，就能让爱因兹贝伦家的悲愿止于我们这一代。我们的孩子伊莉雅也就不再需要接受与他母亲一样的命运成为小圣杯的容器，被迫加入圣杯战争这场残酷的斗争中。没想到……”
“噗嗤！哈哈哈哈哈哈……”
“你笑什么？”
“我笑的是你，卫宫切嗣。没想到沉稳冷静，一切以实用主义为主导的你，到现在竟然还没有看清一切的真相。”
“真相？你刚才告诉我的，难道还不是圣杯战争的真相？”
“不，关于圣杯战争，我所知道的一切都告诉你了。我所笑的，是你在经历此世全部之恶安哥拉曼纽的考验后，竟然还是没有悟到这条道理伟大的理想与目标，终究需要依靠自己的双手去实现这件事。”
自倒塌的冬木市市民会馆的火焰中，两个略显狼狈的身影自火场中走出。
“berserker，按照你所说的，想要阻止此时之恶借由扭曲的我的愿望在这个世界上诞生，进而毁灭所有人类，我们必须中断圣杯仪式的进行。那我们该怎么做？摧毁那个黄金圣杯吗？”