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甚至出现了征得的税款不能抵偿征税成本的问题，以至于一些地方干脆取消了商税的征收，由田赋中浮收来补足。广州的商税虽然没有取消，却也半死不活。取而代之的是地方商税。
倭寇平定之后，闽越两布政司另外设立了独立于原来户部商税体系之外的税课司局，在桥头和渡口设立税卡，税率由地方制定，收入用来支付军饷和地方防务，这些银子不由上交户部，所以地方衙门比较热衷于征收。不过，即使热衷征收，征收额度在艾志新看来也是微不足道，不能和广州这样的商业繁荣的大城市的地位相提并论。特别是他看到广州府下属的一个市镇，商税的收入只有区区170两，就知道里面的猫腻大得出奇。因为那个镇每年向元老院缴纳的“合理负担”就有450两银子。
不过，艾志新并不准备以此为增加税收的突破口。商税其实就是厘金，尽管征收方便，税额也不小，但是影响商品的流通。他的目光放在了门摊税、房地契税和酒醋税上。
门摊税是由地方政府向市镇上的永久性店铺征收的商业税收，因为古代社会并无完善的会计制度，官府征税也不统计店铺的铺本和盈利情况，基本上就是一种定额税。至于定得高是低，完全看运气而定。有的行业盈利极高――比如当铺，却只缴纳区区45两一年的税收，街边的小铺子，一年却也得缴几两银子的税。
广州的门摊税，是由各行的公会收取，没有组建公会的商铺，则是由官府制定牙商包揽代缴――这里面的花样有多大，不问可知。
艾志新看了下整个广州一府两县的门摊税总收入，每年可得大约一万多两――这个数字相当不错，但是距离他的心理预期还少得很。
房地契税，是按照卖价或者典价的3％征收。不过这个税种在许多地方多年不征收，琼州府所辖各州县更是连征收纪录都没有。艾志新发现，广州府不但一直在征收，而且契税收入相当高，仅南海、番禹两县，每年在契税上的收入就有2000两之多。这大约是因为大城市商业繁荣，房地产的价格更高，交易更为频繁的缘故。
至于酒醋税，这是明代延续宋代的税种，酒醋专卖在宋代是政府的一项主要收入。不过明朝对工商业的管理水平极低，并不能有效的控制酒醋的生产和流通环节，所以这项税收基本上是形同虚设。
“大明的税负不是太重，而是太轻。”艾志新在五道口的新区财政工作会议上如是说，“潜力远远没有发掘，还吹什么大明GDP如何如何，论到财政剥削效率，大明已经是个标准的落后国家了，不要说和欧洲国家相比，在东亚连日本都不如。”
在艾志新看来，明政府的税收普遍存在征收效率太低的问题，征收环节中损耗极大，跑、冒、漏严重。说是大量征发使用无偿的“皂隶”来办事，实际的隐性人事成本大的惊人。
要建立自己的税收队伍并不容易，特别是这支税收队伍在保持效率的同时还得大致保证大致的“廉洁”――即使是在21世纪，有着制度保证和无数条文规章和内控稽查手段的现代税务机关里，照样有人出身贫寒却在开宝马住别墅。
要以元老院现在的教育和行政体系来组建一支艾之新还看得过去的队伍，基本上是不可能的。再者直接征税的问题甚多：第一是耗费人力，过去农业税没有取消之前，征收农业税消耗的行政人事成本往往抵消了征收来得税款；其次是容易激化社会矛盾，因为征税引发的矛盾甚至暴乱，古今中外都不乏其例。最后，现代税务是建立在现代财务制度上的，而大明的工商户使用的还是四柱结算法，较小的店铺甚至干脆只有流水账。
要推行新税法，就必须改会计制度，要让商人习惯于现款不过夜，强迫他们采用银行票据交易，而不是直接用现金……这不是一朝一夕的事情。但是收税却是迫在眉睫。
如果采用简单的办法，那就是过去他们实行过得“合理负担”。即由元老院提出“负担”总额，再由纳税户开会评议，各自自报承担份额。这种征收办法阻力最小，现在广州已经建立了工商业联合总会，采取这种方法很容易见效。但是艾志新认为这是过去他们缺少政权组织的时候采取的便宜之计。
如果采取这样的办法，那么税务机构制定的各种税率就毫无意义了，因为要么征收的税额低于税率，直接向工商户让出了利益；要么高出税率，那么税收就变成了“摊派”。加重了纳税户的负担。
最大的问题是：一旦采用这样的做法，势必要通过工商总会和各个行业公会，等于让这些机构操持了税务权力，容易造成税务分摊不公和合法的逃税。