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当在湘的三千黔军被消灭的同时，黔军第四混成旅旅长袁祖铭派遣的杀手于上海大世界歌舞城将贵州督军王文华遭到暗杀，这让原本就群龙无首的黔军顿时发生了内乱。王文华所部五旅旅长争权相互攻伐，袁祖铭立即派遣张彭年前往凤凰县向阎锡山请求接收国防军整编。阎锡山越俎代庖接收了袁祖铭的要求，引发黔军更大的内乱。
在川军代表团离川之时得知国防军大胜，庆幸自己选对了路，跟国防军作战和当初的北伐，护法等战役不同，首先从道义上来说，此时的北洋政府并非军政府，尽管王茂如通用各种手段影响政府，但是和袁世凯与段祺瑞时期不同的是北洋政府的合法性得到了进一步加强，而通过统一之战和对外作战，北洋政府在民间的威望得到了极大的提高。其次这一次没有国民党相应，对于这在南方占据舆论一线的政党来说，支持北洋政府的合法性，将来有利于孙文竞选总统，总不能一边骂着政府非法，一边去参加竞选吧？最后一点则是川军自己是数十个大小军阀联合体，不能做到心往一处想力往一处发，每个川军阀都有自己的小算盘和打算，一边算计着对付国防军，一边要算计自己不被同僚消灭。
民国十年二月，广西督军陆荣廷就在川军阀代表团抵京之日宣布，桂系陆军愿意接受国防军整编，而孙文派遣的人抵达云南。也正在积极努力奉劝唐继尧也接受国防军整编，然而却遭到了滇军司令唐继尧的拒绝。唐继尧绝不甘心做王茂如之手下部将，他和桂军陆荣廷不同。桂军与黔军一样正在发生内乱，陆荣廷接受整编是不得已而为之，但是唐继尧在滇军之中掌握绝对的权力和威望。
桂系军阀分为新旧两派，旧派以陆荣廷为首长期把持军政大权，新桂系以沈鸿英为首，自从被两广之战后，粤军大胜于桂军。同时桂系军阀内部新桂系纷纷倒戈，陆荣廷不得不接连败退，如果不是国防军大军南下抵达广州。陆荣廷非得下野不可。陆荣廷整理军队，撤退到广西都安县（现广西南宁），获得苟延残喘之际，新桂系沈鸿英宣布接受国防军整编。逼迫陆荣廷不得不慎重选择。是跟着唐继尧抵抗到底还是接受整编。恰在此时，张奎安抵达广西，与陆荣廷促膝长叹一夜，次日陆荣廷宣布接受整编，广西战役结束。
如今全国独立地区，仅有云南一省而已。
王茂如在陆军衙门（即陆军部）接见了川军阀代表团，他知道刘湘这个人在抗日战争之中，他带着带病之躯宣布川军出川抗战。1938年因痼疾复发在汉口去世，逝前留有遗嘱：“抗战到底。始终不渝，即敌军一日不退出国境，川军则一日誓不还乡！”因此这个人的爱国情操无需置疑，只是此时有些喜爱权力之争。
王茂如基于此，便对刘湘说十万川军，我可以给公一个上将军团长或陆军部陆军次长一职，均可任选。
刘湘就说你王茂如如此大方，我也不含糊了，人家本来就是带有诚意的，于是与手下军事思考之后认为还是军队在手把握一些，于是决定接受军团长一职。
在川军接受整编之后，中情处将川军与王茂如交涉的过程记录并放到王茂如的桌前，对于浦继与东方宏瞒着双方赚取青年促进研究会四川省大选选票一事，王茂如沉默了一会儿，随后让浦继立即赶回北京。那浦继以为发生了什么事儿，便立即赶回来，王茂如与他促膝长叹了半宿，次日浦继才离开，不过对东方宏倒是开始有些防备了，并不会再傻乎乎的全部放权。
民国十年五月七日，陆军部与国防军指挥中心宣布，正式接受湘军整编，接受川军整编，接受桂军整编，接受黔军整编。
湘军整编为两个一万八千人的师团，番号分别是第三十八师团和第三十九师团，师团长分别是程潜与赵恒锡，实际上两人手下军队都超过一万八千人，如此整编之后，两人的军权都变小了，但是军队数量并非战斗能力，两人手头的枪炮加起来也没有一万八千支，整编之后算是权力大涨。而湖南督军谭延闿的军队被整编为两个三千人的武装警察旅，负责湖南本地剿匪，其余退役士兵编入各各州、县、市、镇警察局成为湖南警察。谭延闿尽管去掉武职，却可以正经八百地担任湖南省长一职了。
川军整编为三个师团，番号分别是第四十师团第四十一师团，第四十二师团，师团长分别为唐式遵、但懋辛和熊克武，然而熊克武是川军元老，尽管战败被驱逐，但手握重兵，岂肯屈居后辈刘湘之下，于是如何安排熊克武倒成了难题。随后因熊克武败退至西康省，经过研究决定由熊克武担任西康省长一职，四川省长由刘存厚继续担任，第四十二师团长由刘成勋担任。
黔军整编为两个师团，番号分别是第四十三师团、第四十四师团，师团长分别为袁祖铭与卢焘响，黔军表示无异议，只是前黔军督军刘显世表示不服，并准备在云南组织军队准备反扑。不过随后中央任命刘显世继续担任贵州省长一职，流亡云南的刘显世左思右量之后决定接受中央政府任命，返回贵州担任省长。
桂军整编为两个师团，番号分别是第四十五师团、第四十六师团师团长分别是谭浩明与沈鸿英，两人也分别代表了旧桂系与新桂系军队，广西省长由在广西声望较高的温宗尧担任。（温宗尧此君是维新斗士，民国期间也是为国为民造福广西百姓的好官，抗日战争时期却投靠了汪伪政权，老了老了，晚节不保，否则广西省定然回味此君树立祠堂纪念此君）
而川军、黔军、桂军与粤军多余士兵也被整编了一个师团，第四十七师团长由原国防军57旅旅长魏益三担任，至此，南方仅有一个云南独立于中华民国之外了。
而国防军将新成立一个军团，即第十二军睚眦军团，军团长刘湘，然而该军团却包括川军的第四十二师团，黔军的第四十四师团与粤军的第三十七师团，驻防于四川与西康，主要防备英国人在西藏的分裂活动。
“四川也是王茂如的了。”唐继尧的的手下大将顾品珍忧心忡忡地说道。