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木叶47年初，自忍界大战打响至今已经过去了大半年的时间。岩忍联合砂忍侵袭木叶的计划失败，风之国已经全面向火之国投降，并在几天前签署了同盟合约。然而土之国的态度却还模糊不定，隐隐还有蠢蠢欲动之心。
在另一边战场上，有自来也坐镇后方，水门坐镇前线的情况下，再一次扑灭了云忍反击的势头，而补给被赤风和照美冥倒腾地异常空虚的云忍不得不鸣金收兵，退回了雷之国。大获全胜的火之国再次奠定了其五大国之首的地位，然而其中付出的牺牲不足与外人道也。
数月之前的两起绑架案。
宇智波斑控制四代水影对野原琳进行了抓捕，并且将三尾从四代水影的体内剥离，封入了琳的体内。造成的结果是四代水影死亡，水之国乱作一团。而琳最终也死在了卡卡西的千鸟之下。“刚巧”赶来，目睹一切的带土暴怒，杀死了在场除了卡卡西以外的所有忍者，自此成为了带着面具的‘斑’。
而失去了带土和琳的卡卡西自此精神萎靡，另外，赤风的失踪也给他带去了一定负面的影响。活见人，死见尸，而赤风的失踪却带着浓重的诡异成份，没有任何势力宣称为此事负责。如果是其他国家的忍者所为，但他们至今也没有给出任何筹码。
为了搜寻赤风，止水和宁天在自来也的应允之下组建了搜查队，除了他们以外，成员还包括辛之助、丁启、红和静音。六人如热锅上的蚂蚁搜寻了数天，但是收获甚微，不得不放弃。
然而，自来也却书写了一份长长的密信交给了三代火影。三代看了之后大皱眉头，然后下达了几项命令。在常人看不到的地方，火影的直属暗部行动了起来，似乎是在木叶村以及附近寻找着什么。在木叶高层，气氛转变地有些诡异。
“大蛇丸！猿飞那个老家伙已经开始怀疑你了。实验怎么样了？”
大蛇丸慢条斯理地倒弄着五彩的药水，道：“已经收集了一些有趣的数据，柱间的细胞吞噬能力太强，但若只是一小点的话还在我的控制范围之内。我现在就可以帮你移植柱间的细胞，足以治愈你受伤的半身，怎么样？要试试吗？”
大蛇丸饶有兴趣地看着团藏，数月时间里，他的实验体已经损耗了一半。柱间的细胞根本不是一般人能够驾驭的，哪怕有他的药物辅助也不行。但是他发现只要控制初始移植的细胞量，降低它们繁殖、侵蚀的速度，虽然会减弱移植成功后木遁的威力，但至少不会置人于死地。
他现在所能控制的量大概有五十个单位，但是为了获取数据，他给不同的实验体移植的柱间细胞量是不同的。比如十一二岁的下忍多一些，身体强壮的多一些。但最少的也有100个单位！重要的是数据，生死由命！
团藏眯着眼睛看着大蛇丸，“你有多大的把握。”
“八成！”<b.推荐你当第四代火影！”
大蛇丸微微一愣，“怎么？当火影不是你做梦都想的事情嘛？”
“我只是不喜欢猿飞的做事方式罢了，只要你能当上火影，我做事也方便些。”
‘想让我当傀儡，自己隐于幕后吗？老狐狸！’
“开始吧！”
“嗯！”