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5月2日，闹事顺利的发展成兵变。大量的手工业者、小商人、城市贫民等汉城普通市民加入了这次起义，使“兵变”迅速转化为社会矛盾总爆发的“民变”。
随着反闵排日的情绪被全面点燃，起义士兵和市民先到东别营，占据武库，夺取武器武装自己，然后兵分三路展开行动：一路袭击捕盗厅和义禁府，释放被关押的金春永、柳卜万等士兵和其他犯人，以及著名的卫正斥邪派儒生白乐宽，这位由于上疏反对开放政策而被闵妃集团逮捕。
救出同袍后起义士兵和市民又顺路捣毁了闵台镐、闵泳翊等外戚权贵以及与日本人有交往的人士的府邸，高呼着“杀光闵氏”的口号；一路袭击别技军军营所在地——下都监，处死日本籍教官堀本礼造，一路则占领京畿监营。
当闵氏集团已经失去了控制汉城的武装之后，部队与起义民众一起攻打附近的日本公使馆，声言将尽屠倭人。
中国之所以默许了高丽别技军请日本教习，是因为这帮日本教习不过7人。他们教给高丽人的是老式步枪的作战方法，中国自己完全淘汰了老式步枪，这种武器已经没有什么威力可言。更重要的是，这么一来，所有怨恨都集中在了日本人身上。
事情发展也正如中国所料，5月3日，数万名愤怒的起义士兵和市民冲进昌德宫，四处追杀闵妃和闵谦镐等人，闵谦镐终于藏不住了。
当时高宗急宣大院君入宫收拾乱局，大院君在起义士兵和市民的拥护下进入昌德宫。闵谦镐便急忙冲出重熙堂，跪着揪住大院君的衣袍，向大院君求救。大院君只是冷笑，随即大院君身旁的士兵们将闵谦镐“踢落阶下，铳、筑、剑打成肉泥”。闵谦镐被杀稍早前，京畿道观察使金辅铉也在宫中被剁成肉酱。闵谦镐死后，与金辅铉被弃尸在御沟中。
日本公使花房义质也经历过戊辰战争，在起义士兵和市民的猛攻下沉着应战。激战至深夜，围攻的高丽起义者们焚毁了公使馆周围的民房，以断日本人之后路。花房义质被迫烧毁公使馆，与使馆人员28人一路放枪，击毙不少围攻的高丽起义者后冲出一条血路，突出汉城直奔仁川。突围中二十八人的队伍战死六人，剩下二十二人好不容易在仁川找到了一艘前往中国进行贸易的日本船，狼狈乘船返回日本。
5月8日，日本明治政府正式向中国提出抗议，指责中国zheng府纵容高丽袭击日本使馆。并且声言要出兵惩处参加此次“甲申兵变”的起义者。
日本海军说干就干，5月9日，一支舰队驶出舰队母港吴港，穿过对马海峡直奔釜山港。日本三千多吨的军舰在釜山港外没来得及耀武扬威半天，从北边出现了一支舰队。为首的是第六舰队的旗舰安庆号。14000多吨的战列舰带着9000吨的重型巡洋舰，以18节的速度绕着一艘三千多吨，三艘不到三千吨的军舰高速绕圈子，巨大的炮口瞄着日本军舰。
300炮一炮下去就能让日本军舰沉入大海，中国人很清楚，日本人也很清楚。但是日本海军并没有因此就抱头鼠窜。在对峙的头一个小时里，日本军舰还想凭借14节的速度和中国军舰兜一兜圈子。一个小时后，两艘日本军舰的锅炉在全力运作之后先后发生故障，只能很没面子的趴在水面上动弹不得。
面对日本海军的丑态，中国舰队调转船头向西南而去，目标是中国第六舰队的副港巨文岛。
日本海军好不容易把自己的船只开回了母港吴港，对中国的抗议行动当然没有终止，不过抗议完全停留在口头之上。其他欧美国家对此根本没有评价，高丽人所怨恨的是闵妃集团与日本人，攻击的目标也是这两者。既然欧美的公使馆与商人都没有受到损失，欧美国家也找不到任何理由对中国提出抗议来。
排除了外国势力干涉高丽的可能之后，中国中央政府就从容的在这里开始看戏。闵妃集团在京城的骨干大多被干掉，闵妃本人则在大院君夫人的帮助下好不容易逃出一条性命。
惊慌失措的高宗李熙面对这种突发状况，被迫急召他亲爹大院君入宫随侍，自己避往别殿，并宣布归政于大院君以挽回局面，大院君便与其妻骊兴府大夫人和长子李载冕一起进宫。在起义士兵和市民的拥护下第二次掌权摄政。
大院君执政后第一件事就是收拾宫廷的乱局。此时宫中涌入成千上万的士兵和市民，搜寻闵妃，捕杀官吏，刹那间变得腥风血雨、混乱不堪。大院君先命令士兵撤出宫廷，不料士兵们表示：“中殿（王妃）在，必尽戮我等；死，宁行大事而死，决不敢退！”大院君不得已，马上宣布闵妃已死于乱军中，并发布国丧。他还下令赦免起义士兵和市民，遣散他们出宫，并发给士兵积欠的军饷。起义士兵和市民这才放下武器，从昌德宫撤走。
虽然保住了性命，但是大院君趁机办了国丧之后，闵妃失去了所有权力。在名义上甚至变成了一名“死者”。
高丽铁路与电报公司的负责人们并不在意这点，正如他们所料，大院君请李鸿章前去“商谈要事”。看着袁慰亭等人期待的目光，李鸿章淡然一笑，“你们不用担心！”说完，李鸿章李局长从容乘上汽车，向着昌德宫而去。