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刑部、大理寺、都察院共同审理案件叫做三司会审，民间又称为三堂会审，一般用来审理重大、疑难案件，这次审问的是因私刻、改编《邸报》而落马的众多高官。
这次事件涉及官员之多，影响之大，都快赶上明世宗时期的大礼议事件了。拿下的从五品的官员有两个，一个是大理寺少卿左光斗，另一个是礼部员外郎顾大章；正七品官员五个，分别是兵科都给事中杨涟、户科都给事中魏大中、吏科都给事中周朝瑞、两个监察御史——袁化中和黄尊素。
不过，天启皇帝的聪明之处在于他运用司法手段，利用三司会审来定案，让文官没有办法信口雌黄；而明世宗嘉靖皇帝则运用皇权，威压百官，导致文官以受罚挨打为荣，据说有一位官员的夫人还很细心地把丈夫被打下来的肉收集起来，做成腌肉，逢年过节就拿出来显摆。
《东林风声》因为诘屈謷牙的文风，颇受某些道学先生的欢迎，现在成了烫手的山药，大家纷纷把家里收藏的《东林风声》销毁。那些曾经在《东林风声》上发表过文章的官员更是惶惶不可终日，直到皇上为此案定调，“首恶必办，协从不问”，大家这才放下心来。
左光斗、顾大章、杨涟、魏大中、周朝瑞、袁化中、黄尊素七人倒真是七条汉子，把罪名全部担了下来，没有牵扯别人。三堂会审的结果，七人罪名全部成立，左光斗、杨涟为首犯，秋后处决；顾大章、魏大中、周朝瑞、袁化中四人为从犯，罪减一等，流放三千里；黄尊素欺君谤上，流放三千里。
朱诚劝道：“皇上，这些东林党人虽然触犯国法，但毕竟为恶不深，不如减刑一等，以示皇上的慈悲与宽宏大量啊。”
经过几天的冷静，天启皇帝的气也消了不少，于是法外开恩，左光斗、杨涟流放，顾大章、魏大中、周朝瑞、袁化中、黄尊素撤职，永不叙用，并削去功名，严禁从事文化、教育工作——也就是说，即便回到故乡，他们也不能去东林书院讲学和参加书院组织的大小活动。
东林党人见皇上仁慈，不但没有感激，反而起了生命不止、斗争不息的雄心壮志。
在送别左光斗的饯行宴上，左光斗道：“诸公，我离开京城后，皇上那边就全赖诸位照顾了。”
叶向高哽咽着说道：“左公，你放心，我一定会让皇上回心转意，把你们重新请回朝廷。”
“回不回朝廷没关系，但首先要把皇上身边的奸佞小人清除干净。”
“奸佞小人，你指的是朱诚吗？”
“朱诚当然是奸佞小人，不过他跟在朱由检的身边，我们很难抓到他的把柄，而且他奸滑异常，如果弹劾不成，反而容易把自己赔进去。高攀龙先生不就是死劾朱诚，结果事败身死吗？唉，现在高先生的坟头恐怕已经长满了青青的野草，空余碧血照丹青啊。目前，对我们威胁最大的是司礼监秉笔太监魏忠贤。”
“哦，为什么？”
“魏忠贤是天启皇帝的左膀右臂，有了魏忠贤，皇上就不需要我们这些东林党人。杀了魏忠贤就等于斩断了皇上的手臂，他就会发现，离开东林党，大明的朝廷运转不灵，于是朝政又会重新回到我们手上。”
“魏忠贤好像没犯什么错呀？”
“魏忠贤是阉人，阉人就是一大罪状，俗话说得好，阉人无罪也该杀。再则，你们有没有发现，魏忠贤的黑手已经伸到了朝堂上了。崔呈秀、李春烨、顾秉谦已经和他结成了死党，他们就是阉党。还有，魏忠贤非常聪明，每一招都打在我们的软肋上，让我们疲于应付。假以时日，魏忠贤执掌大权，我辈将死无葬身之地。”