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万历十七年（1589），■拜以副总兵致仕。儿子■承恩袭为指挥使，充巡抚门下旗牌官。■拜私下里蓄养了一批奴仆，组成一支苍头军，见明军兵马不整，就有反叛之心。万历二十年（1592）二月，■拜与结义兄弟刘东■同时发难，杀宁夏巡抚党馨，缴去总兵张维忠的印信。刘东■自任总兵，■承恩为副总兵，■拜为谋主，扯旗反叛，企图占据宁夏，自为一个割据政权。当时，朝廷对于蒙古的羁靡政策因俺答汗之死，渐渐失控。■拜勾结河套的蒙古骑兵，企图联成一气。明朝总督魏学曾一方面切断河套的蒙古骑兵与■拜之间的通道，一方面围住宁夏。在朝廷李成梁镇守辽东的纪功石坊，神宗命大臣各献平叛之策。当时的兵部尚书石星提出的方案是掘开黄河之堤，以黄河之水灌淹宁夏城，则”一城之人尽为鱼鳖”；御史梅国桢推荐原任总兵李成梁前往平叛；甘肃巡抚叶梦熊请命讨贼。神宗后来对于三种方案竟然都能接受，一方面命叶梦熊赶赴宁夏；一方面命李成梁出征宁夏。李成梁当时在辽东，便命其子李如松前往。
神宗还下命悬赏缉拿■拜等人。到了六月，宁夏城外已经有魏学曾、梅国桢、叶梦熊、李如松等数支大军，由魏学曾统一调度。但是，魏学曾束手无策，力主招安。这让神宗大怒，以为堂堂天朝竟然奈何不了些么小丑，成何体统？七月，神宗在接到监军御史梅国桢的军情报告后，果断地以叶梦熊取代了魏学曾，并将魏学曾逮回京城，并直接部署：”决（黄河）水灌城之谋，毋得异同误事。”既然最高当局已经下令灌城，前方的将领自然再无异议。于是，当初在反对俺答封贡中似乎没有多少远见的叶梦熊，这时显得非常有胆略。他在七月十七日之前，围着宁夏城筑了一道长约1700丈的长堤，将宁夏城围成一个水泄不通的池塘，然后掘开黄河大堤，向宁夏万历十八年绘《河防一览图》城灌水。八月，城中粮食短缺。同时，李如松击败了从河套来援的蒙古骑兵。
九月，明军攻破宁夏城南城。但是，叛军退据的大城依然易守难攻，明军的攻势受挫。这时，一个名叫李登的卖油郎，挑着担子在街上边走边唱：”痈之不决，而狃于痏（wei）；危巢不覆，而令枭止。”监军梅国桢将他请入营中，让他带着三封书信去见■承恩。李登跛一足，瞎一眼，在路上根本就不被人注意。他将一封信交给 ■承恩，劝■承恩说：■氏有功于朝廷，监军深为可惜，可杀刘东■以自效；接着，李登又去见了刘东■、许朝，劝他们说：首乱是■氏，将军为汉人，何苦代人受过？这个离间计果然成功。九月十六日，刘东■杀土文秀，接着，■承恩杀刘东■、许朝，投降明军。九月十八日，明军进城，剿灭了■拜的苍头军，■拜自杀。■ 承恩等人被押解京城。至此，宁夏平定。
援朝之战，也是始于万历二十年（1592）。这一年，日本关白丰臣秀吉派小西行长等人领兵20万从釜山登陆。沉湎享乐的朝鲜国王根本就无法抵御，只会频频遣使向明朝求救。消息传来，神宗立即做了三项准备：一，令兵部向朝鲜派遣援兵；二，命辽东、山东沿海整顿军备，小心戒备；三，如果朝鲜国王进入明朝境内，择地居之。但是，当时的兵部尚书石星，确是无能之辈，只派一个游击史儒率少量兵马入援朝鲜。对于20万日军来说，这无异于羊入虎口，史儒战死；随后赶到的副总兵祖承训也只有3000兵马，结果也是仅仅只身逃脱。这两仗的大败，激怒了神宗。于是，神宗命宋应星为经略，从西北前线调回李如松，一齐东征。宋应星贪生怕死，说自己带兵要讲究什么”一字兵法”：用兵一万，要造车360辆，火炮72000门，弓弩27000副，毡牌2000面，弩箭数百万枝，以及火药、火枪之类，要兵部先给他准备齐全，方肯出征。御史郭实于是弹劾宋应星担任经略一职不恰当。宋应星碧蹄馆遗址
便干脆顺水推舟，要求辞职。神宗申斥了宋应星一番，宋应星才不得不出征。幸好，担任前线指挥的有名将李成梁之子李如松，能征善战。明军前几仗打得都很成功，但在万历二十一年（1593）正月在碧蹄馆附近遭日军伏击，损失惨重。双方最后决定议和。日本方面撤兵南下，朝鲜汉城以南的大片国土恢复。日本方面，以与明朝通贡为和谈的条件。神宗一面敦促朝鲜国王练兵自守，一面与群臣商量是否与日本通贡。
万历二十二年（1594）十二月，明朝和日本方面互遣使节。明朝册封丰臣秀吉为日本国王。丰臣秀吉身着明朝的冠服，迎接明朝的使臣。事情似乎得到了解决。然而，两年之后即万历二十四年（1596）十二月，丰臣秀吉不遵守当初议和的条款，发动第二次朝鲜战争。明朝遂于次年正月以邢玠为总督，杨镐为经李如松手迹略，再次出援朝鲜。但是，明军这一次在岛山附近再遭惨败。万历二十六年（1598）正月，明军退守到平壤南部的王京，与日军进入相持阶段。但是，七月九日丰臣秀吉死去的消息，让日军士气低落，阵脚大乱。明军遂发动攻击，日军无心恋战，纷纷登船渡海东归。中朝联军与撤退日军在东南露梁海面发生激战，明将邓子龙，朝鲜将领李舜臣指挥军队奋勇杀敌、将日军杀得大败。邓、李二将亦战死海上。这一次援朝之战，虽然耗损巨大，但对于确保明代的海防与东北边疆，意义非常之大。
万历二十七年（1599）二月，神宗命令还在朝鲜战场的几支部队迅速移往西南，其中包括最万历《平番得胜图》
能征战的总兵刘(ting)的部队。此行的目的地是四川的播州。明代在播州设立播州宣慰使司，其驻地约相当于今遵义市。播州宣慰使姓杨，世代为当地的土司。隆庆五年（1571），生性雄猜、阴狠嗜杀的杨应龙世袭了父亲杨烈的宣慰司一职。万历十四年（1586），神宗又赐杨应龙都指挥使衔。但是，杨应龙对于四川的官军弱不经战的士气看在眼里，早就想占据整个四川，独霸一方。他的居所都是雕龙饰凤，又擅用阉宦，俨然是一个土皇帝。从万历二十年（1592）起，杨应龙就时叛时降，反复不定。
万历二十七年（1599）二月，贵州巡抚江东之派都指挥使杨国柱讨伐杨应龙，结果三千军队全军覆没，杨国柱战死。当时，朝鲜战争已经结束。因此，神宗决定一劳永逸地解决杨应龙问题。他任命李化龙为湖广、川贵总督，兼四川巡抚，郭子章为贵州巡抚，讨伐播州叛军。万历二十八年（1600）初，各路兵马陆续汇集播州附近。李化龙持尚方宝剑，主持讨伐全局，坐镇重庆；郭子章以贵州巡抚坐镇贵阳；湖广巡抚支大可移驻沅江。明军分兵八路进剿：总兵刘出綦（qi）江；总兵马礼英出南川；总兵吴广出合江；副总兵曹希彬出永宁；总兵童无镇出乌江；参将朱鹤龄出沙溪；总兵李应祥出兴隆卫；总兵陈璘出白泥。每路兵马3万，共计20余万人。这种安排，足以说明神宗对于剿灭杨应龙的决心。
八路大军中，以刘所部最为骁勇善战。綦江在播州的北面，杨应龙也重点屯兵于此，以他的儿子杨朝栋亲自领苗兵数万进行防守。然而，苗兵每遇上身先士卒的刘，只会大叫：”刘大刀至矣。”往往不战而溃。罗古池一战，杨朝栋差点被俘。刘率军一直攻到了娄山关下。娄山关是杨应龙老巢海龙囤的门户，与海龙囤并称天险，易守难攻，但是，却被刘在四月至六月两个月内连续攻破。六月初六日，杨应龙与爱妾周氏、何氏关门自缢，儿子杨朝栋、弟杨兆龙被俘。战役前后历时114天，斩杀杨应龙的部队2万人。
万历二十八年（1600）十二月，李化龙班师回朝，并将杨朝栋等69人押解到京师，磔于市。至此，平播一战以完胜结束。这一战，虽然耗费了湖广、四川、贵州三省财力，但是，正如当时的官员朱国桢所说，如果不平定播州，四川周边的少数民族就要纷纷效仿杨应龙，非但四川不保，云南、贵州也可能不保。后来，瞿九思编《万历武功录》，称平定杨应龙是”唐宋以来一大伟绩”，大概也是从确保西南版图的效果来说的吧。