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都察院设左右都御史、左右副都御史、左右佥都御史及浙江、江西、福建、四川、陕西、云南、河南、广西、广东、山西、山东、湖广、贵州等十三道监察御史共110人。都御史为台长，与六部平行，合称七卿。都御史之职，据《明史·职官志二》说：
都御史职专纠劾百司，辩明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司。凡大臣奸邪，小人构党，作威福乱政者，劾。凡百官猥茸贪冒坏官纪者，劾。凡学术不正，上书陈言变乱成宪，希进用者，劾。遇期觐，考察，同吏部司贤否陟黜。大狱重囚会鞫于外朝，偕刑部、大理谳平之。其奉敕内地，拊循外地，各专其敕行事。可见明代都御史的权力很大，凡官吏之考察黜陟则会同吏部、重大刑狱则会同刑部与大理院。其他各官署则分属十三道监察御史稽察。监察御史充任的职务，远比前代繁重。据《明史·职官志二》所载：
在内两京刷卷，巡视京营、监临乡、会试及武举，巡视光禄，巡视仓场，巡视内库、皇城、五城、轮值登闻鼓。在外巡按（北直隶二人，南直隶三人，宣大一人，辽东一人，甘肃一人，十三省各一人），清军，提督学校（两京各一人，万历末南京增设一人）。巡盐（两淮一人，两浙一人，长芦一人，河东一人），茶马（陕西）、巡漕、巡关、儹运、印马、屯田。师行则监军纪功，各以其事专监察。而巡按则代天子巡狩，所按藩服大臣、府州县官诸考察，举劾尤专，大事奏裁，小事立断。按临所至，必先审录罪囚，吊刷案卷，有故出入者理辩之。
御史权重如此，所以选授也极慎重，自永乐八年（公元1410年）以后，规定御史必从进士及监生中有学识并通达治体者选任。《明会要·职官五》引《三编》载：
永乐七年（公元1409年），召御史张循理等二十八人至，问其出身，皆由进士及监生，惟洪秉等四人由吏。帝曰：“用人虽不专一途，然御史为朝廷耳目之寄，宜用有学识通达治体者。”黜秉等为序班。诏：“自今勿复用吏。”明年冬，申谕吏部，著为令。
御史之权既重，然处事若有差失，惩办也极严厉。据《世法录》记载，洪武十五年（公元2年）五月，御史雷励误把良民判为徒罪。明太祖查获其事，责之曰：“朝廷能使顽恶慑伏，良善得所者在法耳。少有偏重，民无所守。尔为御史，执法不平，何以激浊扬清，伸理冤枉？徒罪尚可改正，若死罪论决，可以再生乎？”并命法司论雷励之罪，以示警戒。就连书写失误，也被认为不称职而一例治罪。据《梦余录》记载，宣德间，御史谢瑶在荐举文牍上误书被荐者姓氏，奏书上呈后，又自陈改正。宣宗谓吏部曰：“古人奏牍皆存敬慎，石庆书‘马’字缺点，惧及死。今荐贤不知其姓，岂能知其才？轻率如此，岂称御史之职？”便把谢瑶贬为交阯大蛮县知县。宣德十年（公元1435年），宣宗又特谕都察院：“朝廷设风宪，所以重耳目之寄，严纪纲之任。近年以来，未尽得人，妄逞威福，是非倒置，风纪废弛，令吏部：今后，初仕者不许铨除风宪。凡监察御史有缺，令都察院堂上及各道官保举，务要开具实行，移咨吏部，审察不谬，然后奏除。其后有犯赃及不称职，举者同罪”。可见有明一代，对御史官的选授和督察是甚为严格的。
洪武初年，置大本堂以藏古今图籍，召四方名儒训导太子、亲王。不久，太子居于文华堂，诸儒轮班侍从，又选才俊之士入充伴读。当时，东宫官属除了太子少师、少傅、少保、宾客以外，还有左右詹事、同知詹事院事、副詹事、詹事丞、左右率府使、同知左右率府事、左右率府副使、谕德、赞善大夫，都以勋旧大臣兼领其职。又有文学、中舍、正字、侍正、洗马、庶子及赞读等官。
洪武十五年（公元2年），改定左、右春坊官，各置庶子、谕德、中允、赞善、司直郎，又各设大学士。随即又定司经局官，设洗马、校书、正字。二十二年（公元9年），因属官太多而无所统率，才设詹事院以总之。二十五年（公元1392年）改名詹事府，置詹事1人（正三品），少詹事 2人（正四品），府丞2人（正六品）。主簿厅主簿1人（从七品），录事2人（正九品），通事舍人2人。左春坊：职官有大学士（正五品）、左庶子（正五品）、左谕德（从五品）各1人，左中允（正六品）、左赞善（从六品）、左司直郎（从六品，后不常设）各2人，左清纪郎1人（从八品，不常设），左司谏2人（从九品，不常设）。右春坊的官员设置如在春坊。司经局：设有洗马1人（从五品）、校书（正九品）、正字（从九品）各2人。詹事掌统府、坊、局之政事，以辅导太子。少詹事为詹事之副贰。明太祖对太子的教育很重视，既不随便付之以重任，又特设一套较前代完备的东宫官，以训导太子。
《明会要·职官七》引《明通纪》：洪武元年（公元1368年）正月，中书及都督府议，仿元旧制设中书令，欲奏以太子为之。帝曰：“取法于古，必择其善者而从之。元人事不师古，设官不以任贤，惟其类是与，岂可取法？且吾子年未长，学未充，更事未多，所宜尊礼师傅，讲习经传，博通古今，识达机宜。他日军国重务，皆令启闻，何必效彼作中书令乎？”乃令詹同考东宫官，设少师、少傅、少保、詹事、率府使、谕德、赞善，宾客等官。这表现了明太祖的卓见远识，詹事府官员对太子的影响最为直接，所以明太祖慎择其人，常以勋旧大臣兼领其职。
据《明史·唐铎传》记载，初置詹事院，太祖对吏部说：“辅导太子，必择端重之士。三代保、傅，礼甚尊严。兵部尚书唐铎谨厚有德量，以为詹事，食尚书俸如故。”以后，凡东宫官缺，则命廷臣推举孝义笃行之京官兼任。英宗天顺（公元1457—1464年）以前，或尚书、侍郎、都御史兼任。宪宗成化（公元1465—1487年）以后，例以礼部尚书、侍郎由翰林出身者兼掌之，明太祖规定宫官由廷臣兼领，其谋虑是很深远的。
据《洪武圣政记》载：洪武三年（公元1370年）十二月，礼部尚书陶凯请选人专任东宫官属，罢兼领之职，庶于辅导有所责成。帝曰：“古者不备其官，惟贤能是用。朕以廷臣有才望勋德者，兼东宫官，非无谓也，尝虑廷臣与东宫官属有不相能，遂成嫌隙，或生奸谋，离间骨月（肉），其祸非细。若江充之事，可为明鉴。朕今立法，令省台都督府官兼东宫赞辅之职，父子一体，君臣一心，庶几无相构患”。
这说明了明太祖规定“兼领”之制是接受了西汉巫蛊之祸的教训。宫官“兼领”就可预防廷臣与宫官相构，而生奸谋，“离间骨肉”。这是明太祖调节宫廷内部矛盾的重要措施。通事舍人掌东宫朝谒及辞见之礼。“凡廷臣朝贺，进笺进春、进历于太子，则引入而举案”。春坊大学士执掌太子向皇上奏请及讲读之事。洗马掌经史子集、制典、图书刊辑之事。凡天下图册上东宫者，皆受而藏之。校书、正字为洗马之佐，掌缮写装潢并校正典籍之讹谬。明中期以后，詹事府成为翰林官迁转之阶，太子出阁的讲读之事都由其他官员充任，名实已不相符了。
大理寺，洪武十四年（公元1年）置，命李仕鲁为首任大理寺卿，正五品。置左右少卿，从五品；左右寺丞，正六品。十九年（公元6年）置审刑司，共平庶狱。凡是大理寺所理之刑狱，审刑司均复详议之。为加强大理寺的权力，洪武二十二年（公元9年），升大理寺卿为正三品，少卿正四品，丞正五品。可见明太祖对这个执法机关是很重视的，据《明代典则》记载，洪武二十四年（公元1391年）六月，太祖把大理寺丞周志清提为卿，并说：“大理之卿，即古之廷尉，历代任斯职者，独汉称张释之、于定国，唐称戴胄。盖由其处心公正，议法平恕，狱以无冤，故流芳后世。今命尔为大理寺卿，当推情定法，毋为深文，务求明允，使刑必当罪。庶几可方古人，不负命也...........”