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药师兜，前期作为间谍卧底在木叶，擅长医疗忍术。幼年时因受伤而失忆，被孤儿院院长药师野乃宇收留，但后来因为团藏要挟野乃宇，于是自愿的为野乃宇以及孤儿院去投靠团藏作为一个忍者活跃于木叶，从小就当间谍而游历各国，但团藏却安排兜与野乃宇自相残杀，自从误杀野乃宇后，兜就认为自己失去了生存意义，与此同时，大蛇丸找到了兜，邀请兜加入音隐村，自此之后便当了大蛇丸的手下。
大蛇丸被十拳剑封印后，兜为了寻找真实的自己而去模仿大蛇丸的生存道路，获得了大蛇丸及其部下的能力，还靠自己在龙地洞修炼了仙人模式，并扬言利用他人来伪装自己，探索世界的真理。在与佐助和鼬的战斗中陷入伊邪那美。最后重拾自我，并前往战场救助佐助。
第三次忍者大战时期，兜在不知父母及名字的状况下被孤儿院院长野乃宇收留，年幼就天资聪颖，但由于视力不佳，刚好院长与自己度数相符，因此院长将自己的眼镜让给兜，且兜也学会了医疗忍术，但在一次帮助木叶忍者疗伤时初次遇见了还是木叶忍者的大蛇丸，因此被大蛇丸看了上眼。
后来志村团藏连同大蛇丸和一名油女一族突然出现在孤儿院，要胁曾在谍报部有“行走的巫女”之称、旧名药师野乃宇的院长前去长期侦察岩忍者村是否有拟定大规模作战计划，团藏在查觉到在窗外偷听的兜后，声称需要孩童成为木叶忍者来替补获得这次情报牺牲的团藏部下，并以当次的补助金作为交换条件，成功将兜纳入自己麾下。
从此，兜被培训成忍者间谍，在云、雾、砂、岩等其余国家的忍者村搜集情报，擅长抹杀自己的行踪及气息。五年后在岩忍者村待命的兜因为失误遭遇袭击，与他交战重伤的敌方忍者竟然就是院长，试着呼叫她，但濒临死亡的院长不认得他，随后兜被其他支援的敌方忍者逼退，迷惘的兜独自一人到了河边思考着自己为何会被最重要的人给遗忘。
这时遇见大蛇丸，被带至他的基地作为第一位访客，随后从大蛇丸口中得知团藏在他一离开孤儿院就向院长说出其实兜是为了他们的补助金而自我牺牲、加入了“根”，在院长的请求下团藏宣称只要杀死某个人就会解放兜，而那个要杀死的人实际上就是“真正的兜”，原来一开始团藏为了避免两人相遇把他们分配到不同地方执行任务，院长只能借由照片了解兜的成长过程和安全与否，而照片在中途被换成别人的照片，导致不知情的院长去杀害被她当成双重间谍又试图解救的兜本人，而大蛇丸原本是奉命要同时解决掉兜和院长，但是因为看上兜的才能而无意执行，在得知真相的兜决定接受大蛇丸邀请加入不隶属任何国家的音忍者村，并利用大蛇丸为他捏造的身分重返木叶。
大蛇丸加入晓并以后，由于某种原因兜成了蝎打入大蛇丸身边的间谍，但蝎没有想到的是兜本来就是大蛇丸安插他身边的，并反过来利用这一点刺探晓的情报。
初次出现于中忍选拔试会场内。当时他以木叶忍者村下忍的身分，前来参加考试，而且似乎是连续七次、共花了四年也没考上中忍（至少两次中途放弃），其实为了收集情报。他的队友是赤铜铠及剑美澄（实际上三人均是音忍者村的卧底）。一出场他便遇上了鸣人等九位新毕业的新人，并以热情的态度，利用忍识卡为他们详细解释前来参加考试的考生类型、能力、原属隐村及人数等。但当他谈及音隐村时，似乎说了些轻视音隐村的说话，随即遭到音忍托斯的攻击。他自以为已避开托斯的攻击，但谁不知托斯使用的是音波攻击，使他耳水不平衡、呕吐及眼镜碎裂（事后对大蛇丸透露自己先前不知道会有这些代表音隐村的忍者参赛，因此才会刻意隐藏实力试探他们）。后来第一场考试的考官森乃伊比基的出现，中止了音忍、药师兜及鸣人他们间的胡闹。
到了第二场中忍考试──“死亡森林”临近结束时，他遇上了有“地之卷轴”、但没有“天之卷轴”（通过考试所需之两卷轴）的鸣人他们。佐助得知兜已取得了“天之卷轴”及“地之卷轴”，就提出跟兜交战的要求。但兜认为他们如若想取得“天之卷轴”，就更应该到终点塔之附近埋伏，因为那里有比较多的考生正赶赴终点。不过，兜亦指出那里也有其他跟他们相同想法、并在那里埋伏的考生，所以为了自身安全要和他们一同前往终点之塔。
就在差不多到了塔附近之时，遇上了来自雨隐村的下忍篝、梦多及胧。因这三名雨忍不擅长近身攻击，所以他们使用了自己擅长的幻术及分身术，并把自己的真身隐藏起来。他们的目的就是想利用分身大量消耗鸣人、兜他们的体力，等鸣人他们的查克拉用尽后，便现身解决他们。兜在与分身的战斗中，为了保护鸣人他们而被偷袭受伤。后雨忍三人的真身被发现，并被漩涡鸣人以连踢击败，成功取得“天之卷轴”。兜及鸣人四人顺利到下一场考试的试场。
但就在中忍预赛考试前夕，他与队友私下跟前来夺取佐助的大蛇丸会面，汇报了佐助的情况及表现。之后以负伤为由先行退出第三场考试的预赛，让鸣人为他感到遗憾。然而事实上当时只有我爱罗能够胜过拥有上忍实力的兜。
中忍选拔时退出后，就一直活跃于大蛇丸身边，并跟砂之上忍叶鬼保持联络，作好音忍、砂忍联手合攻木叶隐村的准备。大蛇丸曾警告他不要做出违背目的的事，否则会杀死他（但后来戏说只是笑话），但他看着大蛇丸的未来容器──拥有写轮眼的宇智波佐助就想到了自己，“太过优秀其实是很悲哀的”，因为这个想法，他趁佐助于医院休息（因中了大蛇丸天之咒印而不适）时，打败旗木卡卡西派来看守病房的四名暗部忍者，打算刺杀佐助，之后他似乎想用刀刺落佐助身上，但其实他是把刀抛向早已来到病房的旗木卡卡西。没想到站在那里的“兜”其实是他以死魂之术令其中一位已故暗部忍者暂时复活并整型成自己以制造假像，而自己则变身成暗部倒在地上，到适当时机便跳窗而逃，卡卡西亦自言面对兜未必能击倒他。
在第三场正式考试开始时，化装成暗部并出现于会场。他医治了当时身有内伤的日向雏田，但被犬冢牙之忍犬赤丸识破了身分，因此立即把牙及赤丸击晕。及后当大蛇丸开始行动时，他便以幻术·涅盘精舍之术使会场所有人陷入深沉的睡眠，然后跟观众席内隐藏的音忍及砂忍一起行动。他的身分亦很快被卡卡西揭穿，当大蛇丸的行动失败、双手被三代目火影废去后，兜跟砂隐村的叶鬼一同离去。
木叶隐村之战后，三隐村都蒙受损失，砂隐村亦向木叶隐村投降。此时大蛇丸的双手被三代的尸鬼封尽废去，不但要面对难以忍受的痛楚，而且也使不出忍术。作为大蛇丸身边的心腹及医疗忍者，他特制各种药物，但只能稍减大蛇丸的痛楚。最后决定一起前往寻找“传说三忍”之一、拥有高超医疗忍术的纲手，让她治疗大蛇丸的双手。后来他们在短册街的城堡处找到了纲手。大蛇丸向纲手提出条件，只要她肯答应医治，就可以把她已死、心爱的人──断及绳树进行复活，以及不会摧毁木叶隐村为条件。但纲手不是善男信女，尽管她很想见到亲人，但她知道大蛇丸是不会轻易放过摧毁木叶隐村的机会，便假装肯医治大蛇丸，然后对他施以偷袭。兜看出纲手的偷袭，立即掷出手里剑分开大蛇丸及纲手。纲手跟大蛇丸、药师兜之战瞬间展开。
兜认为在城堡的地方不利于跟具有怪力的纲手对战，于是便把纲手诱至山丘处。跟纲手且战且走至山丘后，他服下兵粮丸，并使出具攻击力的医疗忍术，把查克拉注入纲手手及腹的肌肉中，并加以损伤。对于兜的高超医疗忍术及身手，纲手也感吃力。及后更对纲手胸口施以一掌，使其难于呼吸。纲手亦报以其绝技──乱身冲，将查克拉化成电力注入兜体内，麻痹其神经系统，令兜不能自由活动。但凭兜的医疗知识，也很快就突破麻痹状态，正想进行反击;刚好也被赶到的自来也、静音及鸣人击退。
同时面对两名传说三忍－自来也及纲手，兜决定先麻痹纲手的攻击，向她展示她最恐惧的血液;顿时纲手全身颤抖、动也不能动，只能任人攻击。兜也向鸣人揭露自己真实身分，嘲笑鸣人只是个无能的小伙子，没有当忍者的才能。被兜挑衅的鸣人，自然不会放过兜。鸣人以多重影分身术攻击兜，但就如自来也所说，鸣人的实力和兜相差太远，完全不到作用。因此，自来也决定自己来对付大蛇丸，让静音与兜对战;另一方面，兜也协助大蛇丸召唤巨蛇。巨蛇袭向自来也他们，而兜袭击带着纲手逃离的静音。