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此后，朝廷多次委任王安石以馆阁之职，均固辞不就。士大夫们以为王安石无意功名，不求仕途，遗憾无缘结识。
朝廷屡次想委以重任，都担心王安石不愿出仕，朝廷任命王安石与人同修《起居注》，王安石辞谢多次才接受。
不久王安石任直集贤院、知制诰，审查京城刑狱案件，朝中士大夫都引为盛事。
王安石在京任职期间，朝廷规定舍人院不得申请删改诏书文字，王安石认为立法不该如此，据理力争，得罪了王公大臣。
嘉祐八年，王安石因母亲病逝，遂辞官回江宁守丧。
治平四年，宋神宗即位，因久慕王安石之名，起用他为江宁知府，旋即诏为翰林学士兼侍讲。
熙宁元年四月，神宗为摆脱宋王朝所面临的政治、经济危机以及辽、西夏不断侵扰的困境，召见王安石。
王安石提出治国之道，首先要确定革新方法，勉励神宗效法尧舜，简明法制。
神宗认同王安石的相关主张，要求其尽心辅佐共同完成这一任务。
王安石随后上《本朝百年无事札子》，阐释宋初百余年间太平无事的情况与原因，指出当时危机四伏的社会问题。
期望神宗在政治上有所建树，认为大有为之时正在今日。
熙宁二年神宗任命王安石为参知政事，跻身执政之列，他提出当务之急在于改变风俗、确立法度，提议变法，神宗赞同。
为了指导变法的实施，设立制置三司条例司，由王安石和陈升之共同掌管，王安石委任吕惠卿承担条例司的日常事务，派遣提举官四十多人颁行新法。
熙宁三年王安石任同中书门下平章事，位同宰相。他在全国范围内推行新法，开始大规模的改革运动。
所实行的新法在财政方面有均输法、青苗法、市易法、免役法、方田均税法、农田水利法；在军事方面有置将法、保甲法、保马法等。
熙宁四年王安石颁布改革科举制度法令，废除诗赋词章取士的旧制，恢复以《春秋》，三传明经取士，同年秋实行太学三舍法制度。
变法伊始，王安石对神宗提出奸佞之论，建议神宗要辨别小人并加以惩处。[35]新法颁布后，王安石擢拔吕惠卿、章惇、蔡确等多人，参与变法的实施。
王安石变法的目的在于富国强兵，借以扭转北宋积贫积弱的局势，然而变法触犯了保守派的利益，遭到保守派的反对。
法令颁行不足一年，围绕变法，拥护与反对两派就展开了激烈的论辩及斗争。
御史中丞吕诲控诉王安石变法十大过失，神宗贬为地方官，王安石举荐吕公著代替其职。
韩琦上疏规劝神宗停止青苗法，在反对派的巨大压力下，神宗打算同意，执政曾公亮、陈升之等乘机附和，王安石虽多方辩驳，神宗仍然认为应听取各方面的建议。
随后王安石称病在家，继而请求辞官归隐，韩绛等规劝，神宗挽留王安石，王安石遂陈数朝廷内外诸官互相依附勾结的情况，进言神宗要不畏流俗，心怀天下。